[发明专利]自身免疫疾病的诊断和治疗方法

说明书

本文提供了用于检测和诊断自身免疫疾病(包括系统性红斑狼疮)的方法、测定和装置。本文提供的方法、测定和装置分析肽阵列上外周血抗体的结合模式，该肽阵列与当前的系统性红斑狼疮临床评估标准良好地相关。

交叉引用

本专利申请要求于2016年6月20日提交的序号为62/352,519的美国申请以及于2016年11月11日提交的序号为62/421,185的美国申请的权益；这两篇美国申请均通过引用整体并入本文。

背景技术

自身免疫疾病患者可经历慢性活动性疾病、波动的缓解和突发循环，或长时间的静止期。准确地检测和确定患者的状态对于开出适当的药物方案、评价治疗结果、确定患者亚组以及早期检测突发至关重要，以便改善自身免疫疾病患者的治疗结果。

发明内容

本文提供了用于确定或诊断受试者中免疫介导的疾病活动性的方法、测定和装置。免疫介导的疾病活动性包括但不限于自身免疫疾病活动性、传染病活动性、癌症活动性和糖尿病活动性。

因此，本文公开了用于确定受试者的自身免疫疾病活动性的方法、测定和装置，所述方法包括：使来自受试者的样品与肽阵列接触，该肽阵列在该阵列的不同特征上包含多个不同的肽；检测所述样品中存在的抗体与所述肽阵列上的一组肽的结合，以获得结合信号的模式，其中该组肽指示自身免疫疾病活动性；以及将所述结合信号与从具有一系列疾病活动性的参考组中的多个受试者获得的参考结合信号进行比较，以确定所述受试者中的自身免疫疾病活动性的存在和/或严重程度。

在一些实施方案中，所述肽阵列包含至少10,000个不同的肽、至少50,000个不同的肽或至少100,000个不同的肽。在其他实施方案中，所述阵列上的不同的肽是沉积的。在另外其他实施方案中，所述阵列上的不同的肽是原位合成的。在额外其他实施方案中，肽的原位合成包含少于20种不同的氨基酸。在一些实施方案中，在所述肽阵列的合成过程中排除半胱氨酸、甲硫氨酸、异亮氨酸和苏氨酸。

在一个实施方案中，所述自身免疫疾病包括系统性红斑狼疮(SLE)、类风湿性关节炎、舍格伦综合征、多发性硬化、溃疡性结肠炎、银屑病关节炎、硬皮病和/或I型糖尿病。在其他实施方案中，所述自身免疫疾病是系统性红斑狼疮(SLE)。在其他实施方案中，参考样品中指示SLE的一组肽的结合信号在使用SLEDAI或SLEDAI-SELENA评分系统时评分至少为12的参考组受试者中较高。在另外其他实施方案中，参考样品中指示SLE的一组肽的结合信号在使用SLEDAI或SLEDAI-SELENA评分系统时评分小于2的参考受试者中较低。在一个实施方案中，参考样品中指示SLE的一组肽的结合信号在使用SLEDAI或SLEDAI-SELENA评分系统时评分至少为12的参考组受试者中较低。在另一个实施方案中，参考样品中指示SLE的一组肽的结合信号在使用SLEDAI或SLEDAI-SELENA评分系统时评分小于2的参考组受试者中较低。在另一个实施方案中，参考样品中指示SLE的一组肽对于图13A-13G所列的一种或多种序列基序或氨基酸而言富集超过100％。在另外其他实施方案中，参考样品中指示自身免疫病症的一组肽的平均结合信号在来自具有高疾病活动性的所述参考组的受试者中低于来自具有更高疾病活动性的所述参考组受试者的所述肽的平均结合信号。

在其他实施方案中，与肽阵列中的其余肽相比，指示SLE的一组肽对于至少一种或多种氨基酸而言富集至少150％。在其他实施方案中，该组肽包含至少10种肽、至少20种肽、至少30种肽、至少40种肽、至少50种肽、至少60种肽、至少70种肽、至少80种肽、至少90种肽或至少100种肽，指示自身免疫疾病活动性。在一个实施方案中，所获得的结合信号模式对选自低疾病活动性、中度疾病活动性和严重疾病活动性的所述自身免疫疾病活动性进行分类。在另一个实施方案中，在0.60至0.70、0.70至0.79、0.80至0.89或0.90至1.0范围内的所计算的受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)确定所述受试者中自身免疫疾病活动性的存在和/或严重程度。