[发明专利]用于无细胞核酸的片段组谱分析的方法

权利要求书

1.一种计算机实施的方法，所述方法用于确定来自从受试者获得的无细胞DNA的脱氧核糖核酸(DNA)片段中遗传畸变的存在或不存在，所述方法包括：

(a)通过计算机构建所述DNA片段跨基因组中多于一个碱基位置的多参数分布；以及

(b)在不考虑第一基因座中每个碱基位置的碱基身份的情况下，使用所述多参数分布来确定所述受试者中所述第一基因座中遗传畸变的存在或不存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述遗传畸变包括序列畸变或拷贝数变异(CNV)，其中所述序列畸变选自由以下组成的组：(i)单核苷酸变体(SNV)，(ii)插入或缺失(插入/缺失)，和(iii)基因融合。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多参数分布包括指示以下中的一个或更多个的参数：(i)与所述基因组中多于一个碱基位置的每一个对齐的DNA片段的长度，(ii)与所述基因组中多于一个碱基位置的每一个对齐的DNA片段的数量，以及(iii)在所述基因组中多于一个碱基位置的每一个处起始或终止的DNA片段的数量。

4.根据权利要求1所述的方法，还包括使用所述多参数分布来确定分布评分，其中所述分布评分指示所述遗传畸变的突变负荷。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述分布评分包括指示具有双核小体保护的DNA片段的数量和具有单核小体保护的DNA片段的数量中的一个或更多个的值。

6.一种计算机实施的分类器，所述分类器用于使用来自从测试受试者获得的无细胞DNA的脱氧核糖核酸(DNA)片段确定所述测试受试者中的遗传畸变，所述分类器包括：

(a)从多于一个受试者中的每一个获得的一个或更多个无细胞DNA群体中的每一个的一组分布评分的输入，其中每个分布评分至少基于以下中的一个或更多个生成：(i)与基因组中多于一个碱基位置的每一个对齐的DNA片段的长度，(ii)与基因组中多于一个碱基位置的每一个对齐的DNA片段的数量，以及(iii)在基因组中多于一个碱基位置的每一个处起始或终止的DNA片段的数量；以及

(b)所述测试受试者中一种或更多种遗传畸变的分类的输出。

7.一种计算机实施的方法，所述用于使用来自从测试受试者获得的无细胞DNA的脱氧核糖核酸(DNA)片段确定所述测试受试者中的遗传畸变，所述方法包括：

(a)提供计算机实施的分类器，所述分类器被配置为使用来自从测试受试者获得的无细胞DNA的DNA片段确定所述测试受试者中的遗传畸变，所述分类器使用训练集训练；

(b)向所述分类器提供所述测试受试者的一组分布评分作为输入，其中每个分布评分指示以下中的一个或更多个：(i)与基因组中多于一个碱基位置的每一个对齐的DNA片段的长度，(ii)与基因组中多于一个碱基位置的每一个对齐的DNA片段的数量，以及(iii)在基因组中多于一个碱基位置的每一个处起始或终止的DNA片段的数量；以及

(c)通过计算机使用所述分类器生成所述测试受试者中遗传畸变的分类。

8.一种计算机实施的方法，所述方法用于分析源自受试者的无细胞脱氧核糖核酸(DNA)片段，所述方法包括：

获得代表所述无细胞DNA片段的序列信息；以及

使用所述序列信息对多于一个数据集进行多参数分析以生成代表所述无细胞DNA片段的多参数模型，其中所述多参数模型包括三个或更多个维度。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述数据集选自由以下组成的组：(a)测序的DNA片段的起始位置，(b)测序的DNA片段的终止位置，(c)覆盖可映射位置的独特测序的DNA片段的数量，(d)测序的DNA片段的长度，(e)可映射碱基对位置将出现在测序的DNA片段的末端处的似然，(f)由于差异性核小体占位，可映射碱基对位置将出现在测序的DNA片段内的似然，(g)测序的DNA片段的序列基序，(h)GC含量，(i)测序的DNA片段长度分布和(j)甲基化状态。