[发明专利]供多重PCR的引物的设计方法在审

专利信息
申请号: 201780060242.1 申请日: 2017-09-07
公开(公告)号: CN109790569A 公开(公告)日: 2019-05-21
发明(设计)人: 辻本尧之 申请(专利权)人: 富士胶片株式会社
主分类号: C12Q1/686 分类号: C12Q1/686;C12N15/09
代理公司: 中科专利商标代理有限责任公司 11021 代理人: 张国梁
地址: 日本国*** 国省代码: 日本;JP
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摘要:
搜索关键词: 目标区域 多重PCR 引物 变异系数 单一细胞 设计引物 序列读取 引物设计 对引物 直方图 横轴 扩增 重复 试验 制作
【权利要求书】:

1.一种供多重PCR的引物的设计方法,其是供源于单一细胞的多重PCR的引物的设计方法,包括设定引物设计时的Tm值范围的Tm值范围设定工序,其中,

在进行N次对n个目标区域中m个目标区域进行PCR扩增并统计每个目标区域的序列读取数的试验,并计算每个目标区域的序列读取数的变异系数的情况下,在将第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值设为CVi,将为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值设为Tmi时,

在所述Tm值范围设定工序中,通过下述工序来确定引物的Tm值范围:

由输入装置输入序列读取数的变异系数的目标值CV0,并存储于存储装置的工序;

输入N次试验中的目标区域数m、第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值CVi及为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值Tmi,并存储于存储装置的工序;

运算装置利用CVt=H(CV0)计算序列读取数的变异系数的阈值CVt作为目标值CV0的函数,并存储于存储装置的工序;

运算装置将所述m个目标区域划分为由序列读取数的变异系数CVi为CVi≥CVt的m1个目标区域组成的R1组、和由序列读取数的变异系数CVi为CVi<CVt的m2个目标区域组成的R2组,对于R1组及R2组的各个组,制作横轴取为了对目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值、纵轴取目标区域数的直方图,并存储于存储装置的工序;及,

运算装置计算从R1组的直方图的左端的值、右端的值、及最频值、R2组的直方图的左端的值、及R1组的直方图和R2组的直方图的交点的Tm值中预先指定的一个值,作为Tm值范围的下限值存储于存储装置的工序;

运算装置计算R2组的直方图的右端的值,作为Tm值范围的上限值存储于存储装置的工序;

运算装置读取存储装置所存储的下限值及上限值,显示于显示装置的工序,

其中,n为满足2≤n的整数,m为满足2≤m≤n的整数,N为满足3≤N的整数,i为满足1≤i≤m的整数,m1及m2为满足1≤m1<m、1≤m2<m、m1+m2=m的整数。

2.如权利要求1所述的供多重PCR的引物的设计方法,其中,CVt=H(CV0)=√2×CV0

3.如权利要求1所述的供多重PCR的引物的设计方法,其中,CVt=H(CV0)=CV0

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