[发明专利]从100pg以下的人类基因组DNA判别其来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活程度的方法

说明书

本发明提供一种通过对100pg以下的人类基因组DNA均匀地进行扩增，判别该100pg以下的人类基因组DNA的来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活程度的方法。

技术领域

本发明涉及一种从100pg以下的人类基因组DNA(Deoxyribonucleic acid；脱氧核糖核酸)判别其来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活(engraftmen)程度的方法。

背景技术

为了从微量的基因组DNA获取碱基序列信息，需要通过全基因组扩增对成为分析对象的DNA进行扩增之后，通过PCR(Polymerase Chain Reaction；聚合酶链反应)对所希望的目标区域进行扩增。但是，该方法中，由于扩增区域的不均匀化或扩增错误等，有时无法获取高精度的碱基序列信息。

若不进行全基因组扩增而通过PCR直接对目标区域进行扩增，则能够排除上述的全基因组扩增的影响。但是，由于模板DNA量极少，会产生过度的扩增反应引起的扩增错误或引物彼此的非特异性扩增(引物二聚体)等，有时无法获取准确的碱基序列信息。

作为抑制形成引物二聚体的方法，例如，专利文献1中记载有如下内容，即，针对引物的所有组合，计算表示引物之间的3’末端中的互补性的评分(3’末端的局部比对评分)，选出引物彼此的互补性低的引物的组合，由此降低多重PCR中不同目标的引物彼此形成引物二聚体的可能性。

以往技术文献

专利文献

专利文献1：国际公开第2008/004691号

发明内容

发明要解决的技术课题

但是，对极微量的模板DNA的多重PCR中，考虑仅在引物端部进行退火而形成的引物二聚体也很重要，但专利文献1中记载的方法并未考虑至此。

因此，根据专利文献1中记载的引物的设计方法设计的引物中，对100pg以下的极微量的模板DNA进行多重PCR时，未能对多个目标区域均匀地进行扩增。

因此，一直以来，很难从如从遗留DNA或单细胞提取的DNA的100pg以下的微量DNA判别其来源、识别个人及分析造血干细胞的植活程度。

因此，本发明的课题在于，提供一种通过对100pg以下的人类基因组DNA均匀地进行扩增，判别该100pg以下的人类基因组DNA的来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活程度的方法。

用于解决技术课题的手段

本发明人等为了解决上述课题而反复进行深入研究，其结果，发现如下内容并完成了本发明：在将100pg以下的人类基因组DNA作为模板进行多重PCR时使用的引物的设计方法中，对引物二聚体形成性进行评价，针对引物候选的碱基序列，在所比较的一部分序列包含引物的碱基序列的3’末端的条件下，进行成对局部比对，从而求出局部比对评分，并根据所求出的局部比对评分进行第1阶段的选拔，针对包含引物候选的碱基序列的3’末端和预先设定的序列长度的碱基序列，进行成对总体比对，从而求出总体比对评分，并根据所求出的总体比对评分进行第2阶段的选拔，若采用在第1阶段及第2阶段的任一阶段中均被选拔的引物，则抑制引物二聚体的形成，能够对多个目标区域均匀地进行扩增。

即，本发明提供以下的[1]至[6]。

[1]一种从100pg以下的人类基因组DNA判别其来源的方法，其具备：

目标区域选择工序，从人类基因组DNA上的区域选择用于获取碱基序列信息的至少1个目标区域；

DNA提取工序，从人源试样提取人类基因组DNA；