[发明专利]用于协同变异选择和治疗匹配报告的方法和装置

权利要求书

1.一种临床基因组数据处理设备，包括：

至少一个微处理器(10)；以及

非瞬态存储介质(12)，其存储：

由所述至少一个微处理器可读和可运行以实施用户界面(26、28)的指令，所述用户界面被配置为接收对于执行基因组工作流的请求并且显示通过所述基因组工作流的所述执行而生成的输出；

由所述至少一个微处理器可读和可运行以实施基因组工作流管理器(22)的指令，所述基因组工作流管理器被配置为管理异步消息传送队列(24)并且管理所述基因组工作流的所述执行；以及

由所述至少一个微处理器可读和可运行以实施服务提供器(20)的指令，所述服务提供器被配置为执行与所述基因组工作流相关联的工作；

其中，所述基因组工作流管理器被配置为通过经由所述异步消息传送队列交换的消息与所述服务提供器通信，以经由通过所述服务提供器执行的工作来管理所述基因组工作流的所述执行。

2.根据权利要求1所述的临床基因组数据处理设备，其中，所述服务提供器(20)包括：

至少一个基因组处理服务提供器(20₁)，其被配置为执行包括处理基因组数据以生成畸变的列表的工作；

至少一个注释服务提供器(20₂)，其被配置为执行包括处理畸变的列表以生成经注释的畸变的工作；

至少一个畸变分优先级服务提供器(20₃)，其被配置为执行包括处理经注释的畸变的列表以生成分优先级的经注释的畸变的列表的工作；以及

至少一个报告服务提供器(20₄)，其被配置为执行至少包括经由所述用户界面(26、28)显示经注释的畸变的列表并且经由所述用户界面接收临床报告的报告工作。

3.根据权利要求2所述的临床基因组数据处理设备，其中：

所述非瞬态存储介质(12)还存储所述临床基因组数据处理设备的注册用户的列表；

所述报告工作包括经由所述用户界面(26、28)向第一注册用户显示所述经注释的畸变的列表并且经由所述用户界面接收来自所述第一注册用户的所述临床报告；并且

所述报告工作还包括经由所述用户界面向与所述第一注册用户不同的第二注册用户发送针对来自所述第一注册用户的第二意见的请求，并且经由所述用户界面向所述第二注册用户显示所述经注释的畸变的列表，并且经由所述用户界面接收来自所述第二注册用户的第二意见，并且经由所述用户界面向所述第一注册用户显示所述第二意见。

4.根据权利要求2-3中的任一项所述的临床基因组数据处理设备，其中，所述服务提供器(20)还包括以下中的至少一项：

至少一个试验匹配服务提供器(20₅)，其被配置为执行包括将所述经注释的畸变的列表与至少一个临床试验数据库进行比较以生成至少一个临床试验推荐的工作；以及

至少一个治疗匹配服务提供器，其被配置为执行包括将所述经注释的畸变的列表与至少一个临床治疗数据库进行比较以生成至少一个临床治疗推荐的工作。

5.根据权利要求1-4中的任一项所述的临床基因组数据处理设备，其中，所述基因组工作流管理器(22)被配置为维护表示所述基因组工作流的状态机，并且被配置为根据经由所述异步消息传送队列(24)从所述服务提供器(20)接收到的指示由所述服务提供器执行的工作的成功完成的消息来更新所述状态机的状态。

6.根据权利要求5所述的临床基因组数据处理设备，其中，所述服务提供器(24)是无状态的，并且经由所述异步消息传送队列(24)从所述基因组工作流管理器(22)接收对于执行与所述基因组工作流相关联的所述工作所需的所有数据。

7.根据权利要求1-6中的任一项所述的临床基因组数据处理设备，其中，所述用户界面(26、28)包括基于网络的用户界面，所述基于网络的用户界面包括网络服务器(26)，所述网络服务器被配置为执行计算以管理对于执行基因组工作流的所述请求的接收，并且生成通过所述基因组工作流的所述执行而生成的所述输出的可视化以供网络客户端(30)显示。