[发明专利]通过靶向PRDM15的反义寡核苷酸治疗癌症的方法

说明书

本发明涉及用于调节PRDM15活性的反义寡核苷酸及其在治疗癌症中的用途。特别地，所述反义寡核苷酸能够诱导PRDM15mRNA的外显子跳读。本发明还涉及通过评估样品中PRDM15核酸、蛋白质或活性的水平来确定癌症患者的预后或为癌症患者选择治疗策略的方法。

本发明涉及反义寡核苷酸。特别地，本发明涉及能够诱导RNA外显子跳读的反义寡核苷酸。

更具体地，本申请涉及癌症领域，特别是涉及过表达含有PR结构域的蛋白质15(PRDM15)的癌症的领域，例如淋巴瘤[滤泡性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤]、胶质母细胞瘤、乳腺癌、前列腺癌、肺癌和结肠癌等。本文显示，PRMD15蛋白质丰度的直接和选择性靶向[例如，通过反义寡核苷酸(ASO)介导的外显子跳读]导致细胞周期停滞和癌细胞凋亡。还提供了证据证明，正常组织中PRDM15的完全缺失[例如通过基因缺失]或部分缺失[例如通过反义寡核苷酸(ASO)介导的外显子跳读]不产生不利影响。

PRDM蛋白家族分别在小鼠和人中包含16个和17个成员。所有PRDM都具有共同的结构域结构，在N-末端具有PR结构域，在C-末端具有许多C2H2锌指¹。后者可能涉及序列特异性DNA结合并对核定位至关重要^2,3。PR结构域在功能和结构上与SET[Su(var)^3-9,zeste增强子[E(z)]和Trithorax(Trx)]结构域相关，该SET结构域是蛋白赖氨酸甲基转移酶(KMT)的催化结构域⁴。实际上，与SET结构域相似，一些但非全部PR结构域已经显示出具有直接使赖氨酸残基甲基化的内在催化活性^5-11。PRDM2是被证实为肿瘤抑制因子的第一个PRDM家族成员。最初鉴定为RB相互作用蛋白，随后报道了含有PRDM2的基因组基因座(Chr.1p36)在多种癌症类型中经常缺失/重排^12-14。其他PRDM基因显示相似的模式(例如PRDM1(6q21-q22.1)和PRDM4(12q23-q24.1)¹⁵)。PRDM1确实是DLBCL和其他血液肿瘤中已确定的肿瘤抑制因子¹⁶。其在ABC(活化的B细胞样)-DLBCL中的表达通常通过多种遗传和表观遗传机制被沉默^17-19。从机制上讲，PRDM1缺失阻止B细胞终末分化并增加其增殖能力²⁰。相反，其过表达诱导DLBCL细胞中的G1细胞周期停滞。该家族的另一成员PRDM9的罕见等位基因变体通常仅在生殖细胞中表达，最近已与B细胞前体急性淋巴细胞白血病(B-ALL)相关联^21,22，而PRDM11显示作为Eμ-Myc B细胞淋巴瘤小鼠模型系统中的肿瘤抑制因子²³。

PRDM15是该家族中未充分表征的成员，其以高水平(与正常组织相比)在滤泡和DLBCL淋巴瘤中表达²⁴。选择性且有效靶向任何PRDM家族成员的小分子抑制剂迄今尚未被鉴定/引入临床。

在本说明书中列出或讨论的明显在先公开的文件不应被视为承认该文件是现有技术的一部分或是公知常识。

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本申请涉及癌症领域，特别涉及过表达含有PR结构域的蛋白质15(PRDM15)的癌症，例如淋巴瘤[滤泡性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤]、胶质母细胞瘤、乳腺癌、前列腺癌、肺癌和结肠癌等。本文示出了PRMD15蛋白质丰度的直接和选择性靶向[例如，通过反义寡核苷酸(ASO)介导的外显子跳读]导致细胞周期停滞和癌细胞凋亡。还提供了证据证明，正常组织中PRDM15的完全缺失[例如通过基因缺失]或部分缺失[例如通过反义寡核苷酸(ASO)介导的外显子跳读]不产生不利影响。

在本发明的第一方面，提供了用于调节PRDM15活性的经分离的反义寡核苷酸。