[发明专利]REP蛋白作为蛋白质抗原用于诊断试验

说明书

描述了用于诊断多发性硬化症(MS)用途的DNA复制相关的(Rep)蛋白，其中，(a)来自受试者的样本中的Rep蛋白或其片段的量与对照样本中的量相比增加；或者来自受试者的样本中的抗Rep蛋白抗体的量与对照样本中的量相比增加与MS的诊断有关，其中Rep蛋白是MSBI1 Rep或MSBI2 Rep。

本发明涉及DNA复制相关的(Rep)蛋白或抗Rep抗体的检测和定量用于诊断神经退行性疾病，诸如例如多发性硬化症(MS)。具体地，本发明涉及MSBI1基因组编码的Rep蛋白。

多发性硬化症(MS)的病因学尚未得到解决。因此，需要MS的生物标志物，其可以用来诊断MS和/或监测MS或治疗MS和/或评估MS的易感性。

多发性硬化症(MS)的特点是损害大脑和脊髓中的神经细胞的MS病变的脱髓鞘作用。MS症状或作为突然恶化的发作(复发、加重、偶发、突发)发生，或作为随时间的逐渐恶化(进行性)而发生。脱髓鞘启动炎症过程，其触发T细胞以及细胞因子和抗体的释放。采用神经影像学、分析脑脊液和诱发电位等用于MS的诊断。

从不同的测试材料中分离出17种不同但部分相关的DNA分子的谱。(multiplesclerosis(MS)brain tissue,bovine sera,milk)(Funk,Gunst et al.2014,Gunst,ZurHausen et al.2014,Lamberto,Gunst et al.2014,Whitley,Gunst et al.2014)。

在这些分离物中，与传染性海绵状脑病(TSE)关联的分离物Sphinx 1.76(1,758bp；登记号HQ444404，(Manuelidis L.2011))紧密相关的两种DNA分子是从MS患者的脑组织中分离的。这些分离物为MSBI1.176(MSBI，多发性硬化脑分离物)(1,766bp)和MSBI2.176(1,766bp)，分别命名为“MSBI1基因组”和“MSBI2基因组”。MSBI1,176与Sphinx1.76的序列具有98％的核苷酸相似性。这些分离物的大型开放阅读框(ORFs)编码假定的DNA复制蛋白，它们之间具有高度相似性。另一个常见特征是存在重复子样串联重复。该重复区域的排列表明了单核苷酸核心中的变异。该重复子样重复可构成Rep蛋白的结合位点。这些分离物的序列已经以登记号LK931491(MSBI1.176)和LK931492(MSBI2.176)(WhitleyC.et al.2014)保存在EMBL数据库中，并已经在WO 2016/005064中进行了比对和描述。

从牛乳中得到其他分离物。这些牛乳分离物(CMI)为CMI1.252、CMI2.214和CMI3.168，分别命名为“CMI1基因组”、“CMI2基因组”和“CMI3基因组”。这些分离物的序列已经以登记号LK931487(CMI1.252)、LK931488(CMI2.214)和LK931489(CMI3.168)保存在EMBL数据库中，并已经在WO 2016/005064中进行了比对和描述。

本发明人已发现，MSBI1基因组示出了转录的RNA的大量生产，且MSBI1基因组编码的Rep蛋白在人类细胞中表达。本发明人已发现，MSBI1和MSBI2基因组编码的Rep蛋白(MSBI1Rep和MSBI2Rep)代表了用于致病性筛选试验的生物标志物。作为DNA复制相关的蛋白(RepB)，Rep蛋白具有DNA结合活性，且对于启动游离或病毒DNA分子的复制可以是必不可少的。根据本发明，结构上类似于MSBI1基因组编码的Rep的Rep蛋白示出了显著的自寡聚化和聚集潜力，其在体内和体外的原核系统中均有描述。(Giraldo,Moreno-Diaz de laEspina et al.2011,Torreira,Moreno-Del Alamo et al.2015)。

本发明提供了基于使用作为抗原的Rep蛋白的病原特异性、诊断性筛选试验的平台。