[发明专利]Ф6内部对照组合物、设备和方法

说明书

本公开内容提供了用于核酸扩增的对照组合物。描述了对公开的组合物和使用其的方法、设备和试剂盒的各种修改。

发明领域

公开了用于核酸扩增方法的包含Ф6噬菌体的组合物。还公开了被进行配置以执行核酸扩增方法的样品处理设备和试剂盒，其中所述设备和/或试剂盒包含Ф6内部对照组合物。

发明背景

已经开发了各种用于扩增核酸的方法，包括聚合酶链反应（PCR）、连接酶链反应、聚合酶连接酶链反应、缺口-LCR、修复链反应（Repair Chain Reaction）、3SR、NASBA、链置换扩增（SDA）、转录介导的扩增（TMA）和Qβ-扩增。这些方法中的每一种都涉及一系列复杂且敏感的步骤，并且准确、定性和/或定量测定需要仔细控制在每个步骤的可变性。对控制标准进行精确校准并且它们可以经受住测定程序的苛刻行为也是关键的。

生物样品中核酸的定性检测是关键的，例如，对于识别个体的感染，且因此应将假阴性和假阳性结果减至最小。因此，将定性内部对照核酸添加到检测混合物中。此外，定量生物样品中的病毒核酸序列是用于评估患者的病毒量（即，在一个时间点在给定患者内病毒颗粒的总量的量度）的重要工具。在慢性感染中，病毒量是病毒复制和免疫介导的宿主清除的高度动态平衡的函数。病毒量可用于评估诊断时病毒复制的程度，其提供对患者进展和预后的评估。它还可用于在病程早期监控抗病毒药疗法的效果，并快速评估改变抗病毒药疗法的效果。

与临床诊断相关的许多核酸是核糖核酸，例如，来自RNA病毒的核酸，如例如，人免疫缺陷病毒（HIV）、丙型肝炎病毒（HCV）、西尼罗病毒（WNV）、人乳头瘤病毒（HPV）、日本脑炎病毒（JEV）、圣·路易脑炎病毒（SLEV）、流感病毒、诺如病毒（Norovirus）等。因此，使用由RNA组成的内部对照核酸以反映样品中靶核酸的性质可以是有利的。因为RNA由于其对诸如碱性pH、核糖核酸酶等的影响的固有敏感性而比DNA更易于降解，所以由RNA制备的内部对照核酸通常作为被壳的颗粒提供。被壳的RNA^®（aRNA）技术通过将核酸包装在保护性噬菌体蛋白外壳中来稳定和保护核酸免于核酸酶降解。（被壳的RNA由Ambion, Inc.和CenetronDiagnostics LLC开发，两者均是德克萨斯州奥斯汀的，并且在美国专利5,677,124、5,919,625和5,939,262下保护）。这些aRNA构建体在测定中被完全加工，它们在环境温度是热稳定的，并且它们是相对RNA酶抗性的。然而，在高温，aRNA构建体迅速降解，从而导致测定失败。为了延长包含这些构建体的产品的贮存期限，产品于4℃运输和储存，这是昂贵的。因此，需要一种用于定性和/或定量核酸检测方法的耐热的、核糖核酸酶抗性RNA标准物。

发明概述

本文提供了用于定性和/或定量核酸检测方法的耐热的、核糖核酸酶抗性RNA标准制剂。本文所述的组合物于30℃热稳定达最多到110天，且特别是于45℃达最多到28天。因此，本公开内容提供了包含悬浮于在7-9的pH的适合于核酸扩增反应的缓冲液中的Ф6噬菌体的组合物，其包含螯合剂和防腐剂，并且任选地包含一种或多种选自BSA、明胶、聚rA RNA、甘油、氨基酸、海藻糖、酪蛋白或聚乙二醇的额外组分。