[发明专利]应用计算机技术管理、合成、可视化和探索大型多参数数据集的参数在审

专利信息
申请号: 201780069990.6 申请日: 2017-12-13
公开(公告)号: CN109937358A 公开(公告)日: 2019-06-25
发明(设计)人: 詹姆斯·阿尔玛罗德;约瑟夫·斯皮德伦;迈克尔·大卫·斯塔德尼斯凯 申请(专利权)人: 佛罗乔有限责任公司
主分类号: G01N15/14 分类号: G01N15/14;G01N33/53;G01N33/48;C12N15/10;C12N5/071;C12Q1/68
代理公司: 北京安信方达知识产权代理有限公司 11262 代理人: 陆建萍;杨明钊
地址: 美国俄*** 国省代码: 美国;US
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摘要:
搜索关键词: 数据集 多参数 应用计算机技术 关联数据结构 基因表达数据 细胞基因表达 计算机技术 可视化技术 细胞 基因集合 用户关注 数据处理 基因 可视化 散点图 细胞群 新关系 迭代 合成 创建 应用 探索 发现 管理
【权利要求书】:

1.一种可视化多参数数据集的方法,包括:

处理器跨第一轴和第二轴生成所述多参数数据集的散点图,所述数据集包括多个数据项,每个数据项与多个参数相关联,并且显示每个相关联的参数的数据值,并且其中,所述第一轴和所述第二轴对应于在所述数据集内用户选择的参数,所述散点图包括多个点,每个点对应于所述数据集中的数据项,并且在所述散点图上沿着所述第一轴和所述第二轴的位置进行定位,位于与对应于所述轴的所述参数的所述数据值相对应的位置。

2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述多参数数据集包括细胞基因表达数据,所述数据项包括多个细胞,其中,所述参数包括多个基因,并且其中,所述数据值包括指示在每个细胞中对应于基因的表达的计数的数据。

3.根据权利要求1-2中任一项的方法,其中,所述散点图包括细胞视图散点图。

4.根据权利要求3所述的方法,其中,所述生成步骤包括处理器基于作为所述细胞视图散点图的轴参数的至少一个基因集合的用户规范,根据所述细胞基因表达数据,生成所述细胞视图散点图。

5.根据权利要求3-4中任一项所述的方法,还包括:

处理器门控所述细胞视图散点图中的一组点,以定义细胞群;以及

处理器在工作区中创建数据对象,所述数据对象代表所定义的细胞群。

6.根据权利要求5所述的方法,还包括处理器重复所述门控步骤和所述创建步骤,以在所述工作区中创建代表多个细胞群的多个数据对象。

7.根据权利要求5-6中任一项所述的方法,还包括:

处理器根据布尔运算将多个细胞群组合,以生成新的细胞群,以供作为数据对象被包含在所述工作区中。

8.根据权利要求3-7中任一项所述的方法,还包括:

改变所述细胞视图散点图,以在所述散点图的定义的零空间中展开对应于零的点。

9.根据权利要求3-8中任一项所述的方法,还包括:

处理器从所述细胞视图散点图旋转到基因视图散点图,所述基因视图散点图绘制了跨多个细胞群的多个不同基因。

10.根据权利要求9所述的方法,还包括:

处理器门控在所述基因视图散点图中的一组点,以定义基因集合;以及

处理器在工作区中创建合成参数数据对象,所述合成参数数据对象代表在所述工作区中的定义的基因集合。

11.根据权利要求10所述的方法,还包括:

处理器使用作为与所述细胞基因表达数据中的细胞相关联的合成参数的、所述定义的基因集合来扩充所述细胞基因表达数据。

12.根据权利要求10-11中任一项所述的方法,还包括:

处理器生成细胞视图散点图,其中,所述定义的基因集合被选择作为所述轴参数之一。

13.根据权利要求12所述的方法,还包括:

处理器基于所述定义的基因集合来门控在所述细胞视图散点图中的一组点,以定义另一个细胞群;以及

处理器在所述工作区中创建代表所定义的另一个细胞群的数据对象。

14.根据权利要求10-13中任一项所述的方法,还包括:

处理器根据布尔运算将多个基因集合组合,以生成新的基因集合,以供作为数据对象被包含在所述工作区中。

15.根据权利要求2-14中任一项所述的方法,其中,所述散点图包括根据所述细胞基因表达数据的基因视图散点图,并且其中,所述生成步骤包括处理器基于多个细胞群的用户规范来生成所述基因视图散点图。

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