[发明专利]用于减弱抗生素抗性的方法和组合物

说明书

本发明部分地提供了尤其可减轻抗生素抗性的治疗性β‑内酰胺酶。

技术领域

本发明部分地提供了用于使用β-内酰胺酶来减轻抗生素抗性的组合物和方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2016年11月1日提交的美国临时申请No.62/415,679和2017年2月15日提交的美国临时申请No.62/459,092的权益，所述美国临时申请各自的内容据此全文以引用方式并入本文。

序列表

本申请包含序列表，该序列表已经通过EFS网以ASCII格式提交，并且据此全文以引用方式并入。大致于2017年10月31日创建的ASCII副本的大小为11.8KB，并且名为SYN-028PC_ST25.txt。

背景技术

当细菌以降低被设计用于治愈或预防感染的药物、化学品或其他剂(包括抗生素)的有效性的方式改变时，会发生抗生素抗性。由此产生的抗性细菌存活并继续繁殖，由此避免了抗生素治疗。

根据CDC，每年在美国，至少有200万人感染了抗抗生素的细菌，并且每年至少有23,000人直接死于这些感染。

对于用于避免或减轻细菌对抗生素的抗性的组合物和方法存在迫切且目前尚未得到满足的医学需求。

发明内容

因此，在一些方面，本发明提供了用于允许在不会促进抗生素抗性的情况下或通过防止或减轻抗生素抗性的情况下，将抗生素施用于受试者的组合物和方法。在各个方面，本发明涉及治疗性β-内酰胺酶用于调节微生物组(包括胃肠(GI)微生物组)以减少或防止对抗生素的抗性的用途。在各种实施方案中，本发明涉及治疗性β-内酰胺酶在施用抗生素之前保持受试者的耐药基因组状态，例如以减少或防止耐药基因组存在增加的用途。在各种实施方案中，本发明涉及治疗性β-内酰胺酶用于在尽管施用抗生素的情况下减少受试者的耐药基因组状态的用途。

在各个方面，本发明涉及一种用于通过在使用抗生素或不同抗生素之前或同时施用有效量的β-内酰胺酶来治疗或预防被确定为对所述抗生素具有抗性的患者的感染的方法，该β-内酰胺酶具有与SEQ ID NO:1至少95％(或97％、或98％、或99％、或100％)同一的氨基酸序列(并且任选地具有Ambler D276N突变)。

在各种实施方案中，患者对抗生素具有抗性并且β-内酰胺酶提供对同一抗生素的治疗响应，或者患者对抗生素具有抗性并且β-内酰胺酶提供对不同抗生素的治疗响应。

在各种实施方案中，使用抗微生物易感性测试(AST)或一种或多种测序方法(例如，通过检测来自患者的生物样品(例如，粪便或胃肠道液)中与抗性相关的一种或多种基因的存在、不存在或水平来进行确定)来确定对抗生素的抗性。

在各种实施方案中，抗生素抗性基因是表A中列出的基因中的一种基因。在各种实施方案中，抗生素抗性基因是β-内酰胺酶、万古霉素和/或大环内酯类抗性基因。在各种实施方案中，抗生素抗性基因是β-内酰胺酶或VanRD/VanSD基因的CfxA家族。在各种实施方案中，抗生素抗性基因是以下项中的一者或多者：acrE、acrF、acrS、AmpC、baeR、cfxA、cpxR、ermY、marA、mdtD、mdtN、mdtK、pbp2、pbp4以及VanRD/VanSD。

在各种实施方案中，对其具有抗性或β-内酰胺酶有助于诱导治疗响应的抗生素是选自以下项的不同抗生素：β-内酰胺类、碳青霉烯类、单环内酰胺类、β-内酰胺酶抑制剂、氨基糖苷类、四环素类、利福霉素类、大环内酯类、酮内酯类、林可酰胺类、链阳菌素类、磺胺类、噁唑烷酮类和喹诺酮类。

在各种实施方案中，本发明方法防止或减少对各种抗生素的抗性的发作。例如，此类抗生素包括β-内酰胺抗生素，包括青霉素和头孢菌素。

附图说明