[发明专利]用于空间标记和分析生物样本中的核酸的方法

权利要求书

1.一种用于空间标记生物样本的核酸的方法，包括：

(a)提供其上固定有多种捕获探针的固体基质，使得每种捕获探针占据所述固体基质上的不同位置，其中所述探针用于引物延伸反应并且其中每种所述捕获探针包含核酸分子，所述核酸分子包含：

(i)用于从所述固体基质表面释放所述捕获探针的裂解结构域，

(ii)对应于所述捕获探针在所述固体基质上的位置的定位结构域，和

(iii)捕获结构域；

(b)使所述固体基质与生物样本接触；

(c)在允许所述生物样本的核酸与所述捕获探针中的捕获结构域杂交的条件下从所述固体基质的表面释放所述捕获探针并且同时和/或随后使用与所述捕获探针杂交的核酸分子作为延伸模板延伸所述捕获探针以产生延伸探针，从而空间标记所述生物样本的核酸；

其中步骤(c)包括使所述固体基质与含水反应混合物接触，所述含水反应混合物包含：

(i)能够使用与所述捕获探针杂交的核酸分子作为延伸模板延伸所述捕获探针的聚合酶；和

(ii)用于从所述固体基质表面释放所述捕获探针的工具。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述用于从所述固体基质表面释放所述捕获探针的工具包括能够特异地使裂解结构域内的捕获探针裂解的裂解酶。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述裂解结构域包含poly-U序列，并且所述裂解酶包含尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG)和能够识别dsDNA的脱嘌呤/脱嘧啶(AP)位点的内切核酸酶的混合物，其中所述内切核酸酶优选DNA糖基化酶-裂解酶，例如内切核酸酶VIII。

4.根据权利要求2所述的方法，其中所述裂解结构域包含限制性内切核酸酶识别序列，并且所述裂解酶是限制性内切核酸酶。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述聚合酶是逆转录酶。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述逆转录酶选自M-MLV、MuLV、AMV和HIV逆转录酶及其衍生物或突变体，优选其中所述衍生物是序列修饰的衍生物。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其中所述逆转录酶包含SEQ ID NO：2所示的多肽序列或与其具有至少80％序列同一性的多肽序列。

8.根据权利要求5-7中任一项所述的方法，其中所述逆转录酶由包含SEQ ID NO：1所示序列的核苷酸序列或与其具有至少80％序列同一性的核苷酸序列编码。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述方法还包括合成所述延伸探针的互补链以产生双链延伸探针的步骤。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述方法还包括扩增所述延伸探针和/或双链延伸探针的步骤。

11.根据权利要求10所述的方法，其中扩增所述延伸探针和/或双链延伸探针的步骤包括PCR。

12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述方法还包括分析所述延伸探针和/或双链延伸探针和/或其扩增子的步骤。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述分析所述延伸探针和/或双链延伸探针和/或其扩增子的步骤包括分析所述延伸探针和/或双链延伸探针和/或其扩增子的序列。

14.根据权利要求12或13所述的方法，其中所述方法还包括将所述分析信息与所述生物样本的图像相关联的步骤，所述分析信息例如为序列分析信息，其中所述生物样本在步骤(c)之前或之后成像。