[发明专利]利用差异丰度的k-聚体对非靶标生物体的扩增整合性遗传物质耗尽在审
| 申请号： | 201780077358.6 | 申请日： | 2017-11-28 |
| 公开（公告）号： | CN110088295A | 公开（公告）日： | 2019-08-02 |
| 发明（设计）人： | 卡斯滕·迪特里希;黄意巍;马克·马特扎斯;安德里亚斯·埃马努埃勒·波施 | 申请（专利权）人： | 西门子医疗有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6844 | 分类号： | C12Q1/6844;C12Q1/70;C12Q1/04 |
| 代理公司： | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人： | 李海霞 |
| 地址： | 德国埃*** | 国省代码： | 德国;DE |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 聚体 基因组 微生物 病毒 受试者样品 选择性扩增 生物体 核酸序列 遗传物质 整合性 靶标 丰度 扩增 耗尽 应用 | ||
1.一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，所述方法包括：
提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；
确定至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异；以及
使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物，扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，确定多种k-聚体，并且在对所述样品中的所述病原体DNA序列进行扩增中使用所述多种k-聚体作为引物。
3.根据权利要求2所述的方法，其中，确定5至100000种k-聚体。
4.根据权利要求3所述的方法，其中，确定50至30000种k-聚体。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，与所述受试者的基因组相比在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异的所述至少一种k-聚体的确定，是使用包含所述受试者和所述至少一种微生物的基因组的数据库进行的。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，使用确定的所述至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，是利用等温扩增进行的。
7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述等温扩增是多重置换扩增。
8.一种选择性扩增受试者的样品中至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列的方法，所述至少一种微生物选自古细菌、细菌、原生生物和/或真菌，所述受试者是人类患者，所述方法包括：
提供所述受试者的样品，其含有所述至少一种微生物的至少一种病原体DNA序列和所述受试者的至少一种人类DNA序列；和
使用至少一种k-聚体作为引物扩增所述样品中的所述病原体DNA序列，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异，
其特征在于，所述至少一种k-聚体具有6个核酸的长度。
9.根据权利要求8所述的方法，其中，使用多种k-聚体作为引物，与所述受试者的基因组相比，所述多种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异。
10.根据权利要求8或9所述的方法，其中，使用数据库来选择在对所述样品中的所述病原体DNA序列的扩增中用作引物的所述至少一种k-聚体，与所述受试者的基因组相比，所述至少一种k-聚体在所述至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异，所述数据库包含多种与受试者的基因组相比在至少一种微生物的基因组中显示出频率和/或背景的差异的k-聚体。
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