[发明专利]在闪光和辉光反应中检测分析物

权利要求书

1.一种检测样品中存在一个或多个靶细胞的方法，所述方法包括以下步骤：

（a）将所述样品与能够结合到所述一个或多个靶细胞的多个转导颗粒混合，其中所述多个转导颗粒（i）被工程化以包括被配制成使所述一个或多个靶细胞产生多个报道分子的核酸分子，（ii）被配制成结合到所述核酸分子并且将所述核酸分子递送到所述一个或多个靶细胞中，以及（iii）是非复制型的；

（b）当所述样品中存在所述一个或多个靶细胞时，在足以表达所述多个报道分子的条件下维持所述样品和所述多个转导颗粒；

（c）接收多个信号数据点，每个信号数据点与一定数量的所述多个报道分子相关联，其中所述多个信号数据点指示所述样品中存在所述一个或多个靶细胞；

（d）使用所述多个信号数据点生成第一曲线；

（e）通过基于所述第一曲线计算以下参数来分析所述第一曲线：曲线下面积（AUC）；峰下面积（A2）；面积比；全局最大强度（globalmaxRLU）；和相对变化（Rvar）；以及

（f）比较面积比和Rvar，并且应用线性阈值以识别一组阳性信号数据点，其中所述组阳性信号数据点反映所述样品中存在一个或多个靶细胞。

2.如权利要求1所述的方法，进一步包括：通过基于所述第一曲线进一步计算以下参数中的至少一个来分析所述第一曲线：信噪比（S2N）；变异系数（CV）；尖峰检测；峰值位置；指数斜率（eSlope）；质心（CM）；和相对面积（rArea）。

3.如权利要求2所述的方法，进一步包括以下步骤：使用该组阳性信号数据点生成第二曲线，并且比较所述第二曲线的rArea和S2N，以识别修正的一组阳性信号数据点，其中，所述修正的一组阳性信号数据点反映所述样品中存在一个或多个靶细胞。

4.如权利要求2或3中任一项所述的方法，进一步包括以下步骤：比较DeltaA2A和CM，并且应用另外的线性阈值以识别反映所述样品中存在一个或多个靶细胞的精细的一组阳性信号数据点。

5.如权利要求2至4中任一项所述的方法，其中rArea=A2/（峰值区域中的最大值）。

6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中面积比=A2/AUC，并且其中

。

7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中，所述线性阈值是A2AInt+Rvar *A2AS1p，其中A2AInt是A2A对比Rvar的阈值线的截距；Rvar是

并且A2ASlp是A2A对比Rvar的阈值线的斜率。

8.如权利要求3至7中任一项所述的方法，进一步包括应用rAreaInt+S2N * rAreaSlp的线性阈值。

9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中使用梯形方法计算AUC。

10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中在固定时间间隔上定义A2。

11.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中在可变时间间隔上定义A2。

12.如权利要求10所述的方法，其中所述时间间隔的范围为从-0.10秒至10.0秒。

13.如权利要求11所述的方法，其中所述时间间隔可在-0.25秒<所选择的峰值时间（以秒为单位）<+2.00秒之间变化。

14.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述方法被用来检测所述样品中的抗生素抗性。

15.一种被配置成检测样品中存在一个或多个靶细胞的系统，所述系统包括：

（a）限定固定容积的容器，样品可以放置在所述容器内，

（b）限定固定容积的试剂模块，一种或多种试剂可以放置在所述试剂模块中，所述一种或多种试剂包含能够结合到靶细胞的多个转导颗粒，其中所述多个转导颗粒（i）被工程化以包括核酸分子，（ii）被配制成使一个或多个靶细胞产生多个可检测的报道分子，以及（iii）是非复制型的；

（c）检测器，其包括光学检测子系统和/或电检测子系统，所述检测器被配置成检测多个可检测的报道分子；以及

（d）处理器，其可操作地连接到所述检测器，并且被配置成实行计算机实现的方法，其包括：

（i）接收多个信号数据点，每个信号数据点与一定数量的多个报道分子相关联，其中所述多个信号数据点指示所述样品中存在一个或多个靶细胞；

（ii）使用所述多个信号数据点生成第一曲线；

（iii）通过基于所述第一曲线计算以下参数来分析第一曲线：曲线下面积（AUC）；峰下面积（A2）；面积比；全局最大强度（globalmaxRLU）；和相对变化（Rvar）；以及

（iv）比较面积比和Rvar，并且应用线性阈值以识别一组阳性信号数据点，其中所述组阳性信号数据点反映所述样品中存在一个或多个靶细胞。