[发明专利]检测方法在审
申请号: | 201780080634.4 | 申请日: | 2017-10-27 |
公开(公告)号: | CN110291197A | 公开(公告)日: | 2019-09-27 |
发明(设计)人: | 埃丽卡·巴内尔;安德鲁·巴内尔;康一明;伊丽莎白·沃兹勒 | 申请(专利权)人: | 基因复制有限公司 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/6806;C12Q1/6886 |
代理公司: | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人: | 刘明海;宁涛 |
地址: | 美国密*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 非人类动物 粪便样品 真核生物 标志物 核酸 真核 检测 分析 | ||
本文提供了用于从人类或非人类动物粪便样品分离真核核酸的材料和方法。还提供了分析存在于人类或非人类动物粪便样品中的真核生物标志物的方法。
本申请要求2016年10月27日提交的美国临时申请第62/413,708号、2017年6月22日提交的美国临时申请第62/523,511号和2017年8月17日提交的美国临时申请第62/547,046号的优先权,所述临时申请的公开内容以全文引用的方式明确地并入本文中。
技术领域
本发明涉及从粪便样品提取真核核酸和使用所述核酸诊断和治疗肠疾病。
背景技术
胃肠病症,例如胃肠癌,和其它消化疾病,如炎性肠病、肠易激综合征和克罗恩病(Crohn's disease),是普遍存在的。在美国,胃肠病症估计每年影响6000万至7000万人。对于一些病症,早期筛查和诊断已经使得患者的死亡率降低和生活品质提高。然而,标准诊断方法,如结肠镜检查,是侵入性的,耗时的,并且与相对高的成本相关。胃肠病症还可以影响动物,例如,作为宠物饲养的动物,如猫和狗。筛查此类病症的兽医学方法同样是侵入性的并且成本很高。一直需要在人类和动物中诊断胃肠病症的非侵入性方法。
发明内容
本文提供了用于从粪便样品分离真核核酸的材料和方法。所述方法可以包括以下步骤:将所述样品与缓冲剂、表面活性剂和核糖核酸酶抑制剂混合以形成悬浮液;将所述悬浮液分离成富含真核细胞的部分和富含细菌细胞的部分,并且保留所述富含真核细胞的部分;向所述富含真核细胞的部分添加离液剂和任选地表面活性剂以形成裂解物;将所述裂解物分级成细胞碎片层,包含真核核酸的层,和脂质层;和收集所述包含真核核酸的层和任选地所述脂质层。所述粪便样品可以是人类或非人类动物粪便样品。在一些实施例中,所述非人类动物粪便样品可以是从狗或猫获得的样品。所述方法可以进一步包括从所述收集的包含真核核酸的层提取所述真核核酸。所述核酸可以包括DNA、RNA、总RNA、mRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNA或sno RNA,或任何DNA、RNA、总RNA、mRNA、tRNA、rRNA、ncRNA、smRNA或snoRNA的组合。
还提供了用于检测粪便样品中的真核生物标志物的材料和方法。所述方法可以包括以下步骤:通过微阵列测序、分子条形码、探针捕获、聚合酶链反应(PCR)、ddPCR、RT-PCR、RT-qPCR或核酸测序分析所述提取的核酸。在一些实施例中,所述真核生物标志物选自图6(A组)或图13(B组)中列出的生物标志物。在一些实施例中,所述真核生物标志物可以是B细胞标志物、T细胞标志物或免疫球蛋白。
还提供了用于确定受试者是否有结肠直肠癌风险的材料和方法。所述方法可以包括以下步骤:测量来自所述受试者的生物样品中的两种或更多种结肠直肠赘瘤生物标志物基因的表达水平,所述结肠直肠赘瘤生物标志物基因选自图6(A组)或图13(B组)中列出的结肠直肠赘瘤生物标志物基因中的任一种;比较所述样品中的所述两种或更多种结肠直肠赘瘤生物标志物基因的所述测量的表达水平与对照中的所述两种或更多种结肠直肠赘瘤生物标志物基因的所测量表达水平,其中所述生物样品中的所述两种或更多种基因的所述测量的表达水平相对于所述对照中的所述两种或更多种基因的所述测量的表达水平的差异指示所述受试者有结肠直肠癌风险。在一些实施例中,所述结肠直肠赘瘤生物标志物基因可以含于图5A中所示的200个差异表达的转录物簇内并且含于图5B中所示的与结肠直肠癌相关的共同途径内。在一些实施例中,所述结肠直肠赘瘤生物标志物基因可以选自图6(A组)或图13(B组)中列出的所述生物标志物。
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