[发明专利]用于鉴定候选生物标志物的方法

权利要求书

1.一种用于鉴定自身免疫性疾病的至少一种候选生物标志物的方法，所述方法包括：

(a)提供肽阵列并使来自多个已知患有所述自身免疫性疾病的受试者的生物样品与所述肽阵列接触；

(b)鉴定与来自所述多个受试者的所述生物样品中的抗体结合的识别肽的集合，所述识别肽区别所述自身免疫性疾病与至少一种不同健康状况；

(c)将所述识别肽集合中的所述肽的每一种与蛋白质组中的一种或多种蛋白质进行比对；以及

(d)根据统计显著性获得所鉴定的蛋白质中的每一种蛋白质的蛋白质分数并对所述的每一种蛋白质进行分级，从而鉴定所述自身免疫性疾病的至少一种候选生物标志物。

2.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括获得重叠分数，其中所述分数对所述肽阵列上所述肽的组成进行校正。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述对所鉴定的蛋白质中的每一种蛋白质的分级是相对于由比对非识别肽所所鉴定的蛋白质的分级进行的。

4.如权利要求1所述的方法，其中所鉴定的候选生物标志物是根据p值小于10^-3而分级。

5.如权利要求1所述的方法，其中鉴定所述识别肽集合的步骤包括：

(i)检测来自所述多个患有所述自身免疫性疾病的受试者的所述生物样品中存在的抗体的结合以获得第一结合信号组合；

(ii)检测来自一个或多个参考受试者群组的样品中存在的抗体与相同肽阵列的结合以获得第二结合信号组合，每个参考群组具有不同的健康状况；

(iii)将所述第一结合信号组合与所述第二结合信号组合进行比较，以获得区别结合信号集合；以及

(iv)鉴定所述阵列上与来自患有所述自身免疫性疾病的受试者的样品中的抗体和来自所述一个或多个参考受试者群组的所述样品中的抗体区别性地结合的肽，从而鉴定所述识别肽。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述识别肽包含与所述阵列上的剩余肽相比至少100％地富集的一种或多种序列基序。

7.如权利要求5所述的方法，其中所述第一结合信号组合包含比来自所述第二结合信号组合的信号低的信号。

8.如权利要求5所述的方法，其中所述区别结合信号集合是通过检测来自患有所述自身免疫性疾病的受试者的样品中存在的抗体和来自所述一个或多个参考受试者群组的所述样品中的抗体与包含至少10,000种不同肽的肽阵列上的至少25种肽的结合来获得。

9.如权利要求5所述的方法，其中识别肽的数目与所述阵列上肽总数的至少一部分相对应。

10.如权利要求5所述的方法，其中区别所述自身免疫性疾病与所述至少一种不同健康状况的方法性能是由在0.60至0.70、0.70至0.79、0.80至0.89或0.90至1.00范围内的接收器工作特性(ROC)曲线下面积(AUC)来表征。

11.如权利要求5所述的方法，其中所述自身免疫性疾病为硬皮病(SSc)，且所述参考受试者群组为健康受试者，且区别所述第一结合信号组合与所述第二结合信号组合的所述识别肽至少100％地富集图8A中列出的一种或多种序列基序。

12.如权利要求5所述的方法，其中所述自身免疫性疾病为硬皮病，且所述参考受试者群组为健康受试者，且区别所述第一结合信号组合与所述第二结合信号组合的所述识别肽至少100％地富集图8B中列出的一种或多种氨基酸。

13.如权利要求5所述的方法，其中所述自身免疫性疾病为SSc，且所述参考受试者群组为健康受试者，且区别所述第一结合信号组合与所述第二结合信号组合的所述识别肽包含表3中提供的清单中的至少一种肽。