[发明专利]血浆中稀少DNA的去卷积和检测

权利要求书

1.一种检测核酸混合物中存在一种或多种指示健康状况、原发组织、原发胚层或原发器官的核酸的方法，包括：

对包含多种核酸的样品进行甲基化分析；

确定所述样品是否包括多个甲基化单倍型区域，所述甲基化单倍型区域表示存在一种或多种指示健康状况、原发组织、原发胚层、原发器官或其任何组合的核酸，其中所述甲基化单倍型区域包含多个甲基化位点，其中所述甲基化状态对所述甲基化位点是协调的。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化分析在游离DNA上进行。

3.根据权利要求1和权利要求2中任一项所述的方法，其中所述甲基化分析在血液样品中的游离DNA上进行。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述多个甲基化单倍型区域包含至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少10个、至少20个、至少40个、至少50个、至少100个、至少200个、至少300个、至少400个、至少500个或超过500个甲基化单倍型区域。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述健康状况是肿瘤。

6.根据权利要求5所述的方法，进一步包括确定所述样品是否包括表示存在一种或多种指示正常组织或正常器官的核酸的多个甲基化单倍型区域，所述正常组织或正常器官对应于所述肿瘤原发的组织或器官。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述健康状况是胎儿非整倍性。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述样品是血液样品。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，进一步包括定量所述一种或多种指示健康状况、原发组织、原发器官或其任何组合的核酸在所述样品中的水平。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述甲基化分析使用选自由重亚硫酸盐甲基化分析、简化代表性重亚硫酸盐测序、WGBS、BSPP、微滴PCR、基于方法的选择器探针以及MeDiP组成的组的技术进行。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，进一步包括确定每个甲基化单倍型区域的甲基化单倍型负载，其中所述甲基化单倍型负载包含不同长度的甲基化单倍型的标准化分数。

12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，进一步包括确定每个甲基化单倍型区域的未甲基化单倍型负载，其中所述未甲基化单倍型负载包含不同长度的未甲基化单倍型的标准化分数。

13.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述甲基化单倍型区域的平均大小为95bp。

14.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述甲基化单倍型区域中的每个区域具有最少3个CpG。

15.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，进一步包括定量表示在所述样品中存在一种或多种指示健康状况、原发组织、原发胚层、原发器官或其任何组合的核酸的所述多个甲基化单倍型区域的水平。

16.根据权利要求6所述的方法，进一步包括定量指示在所述样品中存在肿瘤的所述多个甲基化单倍型区域的水平，并定量表示在所述样品中存在一种或多种指示正常组织或正常器官的核酸的所述多个甲基化单倍型区域的水平，所述正常组织或正常器官对应于所述肿瘤的所述组织或器官。