[发明专利]使用MITRA尖端提取检测DNA突变的方法

说明书

本公开文本提供了用于确定表现出癌症症状或有患遗传性癌症诸如乳腺癌、卵巢癌、结肠癌或皮肤癌的风险的患者是否将受益于用一种或多种治疗剂进行的治疗的快速且非侵入性方法。这些方法基于在使用体积计量吸收微量取样装置(例如MITRA尖端)收集的小体积干生物流体样品中检测遗传性癌症相关突变。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。

技术领域

本公开文本提供了用于确定表现出癌症症状或有患遗传性癌症诸如乳腺癌、卵巢癌、结肠癌或皮肤癌的风险的患者是否将受益于用一种或多种治疗剂进行的治疗的方法。这些方法基于在使用体积计量吸收微量取样装置收集的小体积干生物流体样品中检测遗传性癌症相关突变。可以使用下一代测序(NGS)检测对应于与遗传性癌症相关的一个或多个基因的靶核酸序列的改变。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。

背景技术

下文提供对本公开文本的背景的说明只为了帮助读者理解本公开文本，并且并不承认描述或构成本公开文本的现有技术。

遗传性癌症占所有癌症的5％-10％，并且由于高度渗透的种系突变而升高。最常见的遗传性癌症是乳腺癌、卵巢癌、结肠癌和皮肤癌。遗传基因突变或致病变体增加了患者产生癌症的风险。因此，确定癌症是否由遗传性致病变体引起可以用于评估患者发展癌症的风险，并且可以帮助揭示癌症筛查、预防和治疗的选择。

下一代测序(NGS)广泛用于癌症诊断，因为其能够以高通量方式在单个测定中检测多种基因改变。然而，与从生物样品(例如血液)收集和制备核酸相关的程序通常是麻烦的，通常需要专门的设备或技术技能。此外，重症患者，诸如癌症患者，不能提供大量血液用于复发性测试。

因此，需要快速且非侵入性方法来确定患者是否有患遗传性癌症诸如乳腺癌、卵巢癌、结肠癌或皮肤癌的风险。

发明内容

一方面，本公开文本提供了一种用于在干生物流体样品中检测多个遗传性癌症相关基因中的至少一种突变的方法，所述方法包括(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取基因组DNA；(b)产生包含对应于多个遗传性癌症相关基因中的每一个的扩增子的文库，所述多个遗传性癌症相关基因包含APC、ATM、BARD1、BMPR1A、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CDH1、CDK4、CDKN2A(p14ARF和p16)、CHEK2、EPCAM、MEN1、MLH1、MSH2、MSH6、MUTYH、NBN、NF1、PALB2、PMS2、POLD1、POLE、PTEN、RAD51C、RAD51D、RET、SDHB、SDHC、SDHD、SMAD4、STK11、TP53和VHL，其中衔接子序列与多个扩增子的末端连接；以及(c)使用高通量大规模平行测序检测多个扩增子中的至少一个中的至少一种突变。在一些实施方案中，干生物流体样品是干血浆、干血清或干全血。在一些实施方案中，干生物流体样品包含抗凝血剂(例如EDTA、肝素)。在某些实施方案中，干生物流体样品是从患有或怀疑患有遗传性癌症的患者获得。遗传性癌症可以是乳腺癌、卵巢癌、结肠癌或皮肤癌。

另外或可替代地，在一些实施方案中，微量取样装置的吸收尖端上的干生物流体样品是通过手指针刺从患者收集的。在某些实施方案中，微量取样装置是尖端。干生物流体样品的洗脱可以通过使微量取样装置的吸收尖端与裂解缓冲液和蛋白酶K接触来进行。在某些实施方案中，裂解缓冲液包含盐酸胍、Tris·Cl、EDTA、Tween 20和TritonX-100。在另一个实施方案中，裂解缓冲液包含800mM盐酸胍；30mM Tris·Cl，pH 8.0；30mMEDTA，pH 8.0；5％Tween 20；以及0.5％Triton X-100。在其他实施方案中，裂解缓冲液包含2.5％-10％十二烷基硫酸钠。