[发明专利]用于扩增和检测淋病奈瑟氏菌的多核苷酸

说明书

本文公开了与经由核酸扩增测试(NAAT)检测淋病奈瑟氏菌(Neisseria gonorrhoeae)相关的引物和探针，例如以便扩增和确定测试样品中存在的淋病奈瑟氏菌核酸的存在。具体地，本公开内容描述了结合淋病奈瑟氏菌的小亚基rRNA(胞嘧啶(967)‑C(5))‑甲基转移酶或rsmB基因的引物和探针，用于经由环介导等温扩增(LAMP)和分子信标杂交的检测。

政府许可权

本发明根据美国国防部(the Department of Defense)授予的合同号HR0011-11-2-0006在政府支持下进行。政府具有本发明中的某些权利。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年11月10日提交的美国临时专利申请第62/420,496号的权益，其内容通过引用并入本文。

发明领域

本发明涉及分子生物学和核酸化学的领域。本发明提供了用于检测病原体诸如淋病奈瑟氏菌(Neisseria gonorrhoeae)的方法和试剂，并且因此还涉及医学诊断和预测的领域。特别地，本发明涉及用于扩增和检测淋病奈瑟氏菌的多核苷酸和方法。

发明背景

淋病奈瑟氏菌(淋病的病原体(etiological agent))感染泌尿生殖道，淋病的临床征象通常与其他性传播疾病(STD)的临床征象重叠。感染(通常在女性中是无症状的)，如果不治疗，可以导致更严重的和永久性的健康相关并发症，诸如盆腔炎性疾病(PID)、慢性盆腔疼痛、输卵管性不孕症和危及生命的异位妊娠。在男性中，大多数尿道感染导致尿道炎，偶尔导致附睾炎，如果不治疗，附睾炎可以导致不育症。虽然不常见，但男性的无症状感染率也是值得注意的。在新生儿中，结膜炎可以导致失明。在所有三个组中，未经治疗的淋病奈瑟氏菌(N.gonorrhoeae)可以传播，导致急性皮炎、腱鞘炎综合征和与关节炎、脑膜炎或心内膜炎相关的脓毒病。

淋病奈瑟氏菌具有每年1.06亿新病例的全球影响估计。在世界范围内，淋病奈瑟氏菌是美国第二大普遍的细菌性STD，也是第二大常见的法定报告传染病(notifiablecommunicable disease)。WHO估计淋病奈瑟氏菌感染的发生率自1995年以来一直稳步上升，从2005年至2008年增加11.7％。结合临床和增加的发生率担忧，淋病奈瑟氏菌被分类为与其抗生素耐药性概况相关的直接公共健康威胁，估计30％的菌株携带针对一种或更多种治疗抗生素的耐药性。

预防和减少传染病的主要公共健康策略中的一种是通过筛查、及时(prompt)鉴定和有效治疗来减少人与人之间的传播。对于该策略必不可少的是特异性并且灵敏的诊断。

核酸扩增测试(NAAT)在灵敏度、特异性和样本运输便利性方面的表现超过了目前可用于诊断淋球菌感染的任何其他测试诊断的表现。CDC特别推荐临床和疾病控制实验室使用NAAT来检测淋病，具有几种有限的例外。推荐Laboratory-Based Detection ofChlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae—2014.MMWR2014；63(编号RR-2)。与灵敏度和特异性相关，这些测定提供了侵入性较小的样本收集的使用，这更有助于传染病筛查。用于NAAT的最佳推荐样本类型包括来自男性的首段尿液(first catch urine)和来自女性的阴道拭子。