[发明专利]肿瘤抗原性加工和呈递

权利要求书

1.一种存储软件指令的非暂时性计算机可读介质，所述软件指令使处理器执行靶向患者的肿瘤抗原用于癌症免疫治疗的步骤，所述步骤包括：

从患者获得来自肿瘤组织的组学数据，并使用组学数据鉴别产生肿瘤抗原的癌症驱动基因中至少一种突变的存在，其中所述组学数据选自基因组学数据、转录组学数据和/或蛋白质组学数据，并且其中所述癌症驱动基因是其突变触发或增加细胞生长的基因；

确定患者的HLA等位基因类型；和

将患者的HLA等位基因类型和肿瘤抗原与对同一肿瘤抗原具有最小亲和力的占多数的等位基因类型进行匹配，其中所述占多数的等位基因类型是不同种族、不同地理位置、不同性别或家族来源中的一种或多于一种代表性的占多数的等位基因类型。

2.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述组学数据包括选自全基因组测序数据、全外显子组测序数据、RNA测序数据和定量蛋白质组学数据中的至少一种组学数据。

3.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述步骤还包括通过选自单核苷酸多态性、短缺失和插入多态性、微卫星标记、短串联重复、杂合序列、多核苷酸多态性和命名变体的先验已知分子变异中的至少一种来过滤至少一种突变。

4.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述癌症驱动基因存在于选自以下的癌症中：ALL、AML、BLCA、BRCA、CLL、CM、COREAD、ESCA、GBM、HC、HNSC、LUAD、LUSC、MB、NB、NSCLC、OV、PRAD、RCCC、SCLC、STAD、THCA和UCEC。

5.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述癌症驱动基因是如下列出的基因中的一种：

6.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述占多数的等位基因类型表示不同种族、不同地理位置、不同性别或家族来源中的等位基因类型。

7.根据权利要求6所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述占多数的等位基因类型在至少一个种族中具有至少0.1％的群体频率。

8.根据权利要求6所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述占多数的等位基因类型在至少一个种族中具有处于前四分位数的群体频率。

9.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中通过比较关于多个HLA等位基因对肿瘤抗原的亲和力来确定最小亲和力。

10.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述最小亲和力确定为K_d等于或小于100nM。

11.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述步骤还包括基于与肿瘤抗原的结合亲和力，在多个HLA等位基因类型中对患者的HLA等位基因类型进行分级。

12.根据权利要求1或2所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述肿瘤抗原的长度为7个至20个氨基酸。

13.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述细胞生长是净肿瘤细胞生长。