[发明专利]确定个体的结肠直肠癌状态的方法

权利要求书

1.一种确定个体的结肠直肠癌状态的方法，所述方法包括测定来自所述个体的口腔的生物样品中的单种CRC相关口腔细菌的丰度或多种CRC相关口腔细菌的丰度的步骤，其中所述单种CRC相关口腔细菌或所述多种CRC相关口腔细菌的受调丰度指示阳性结肠直肠癌状态。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述丰度是所述样品中的所述细菌或OTU的作为在所述样品中的总微生物群中所占的比例的丰度。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述受调丰度是所述样品中的所述细菌或OTU的相对丰度与来自参考健康个体的相同样品中的相对丰度相比的差异。

4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述受调丰度是一个或多个样品丰度值与一个或多个绝对参考值相比的差异。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中至少2种CRC相关口腔细菌的受调丰度与阳性CRC状态相关。

6.根据权利要求5所述的方法，其中至少10种CRC相关口腔细菌的受调丰度与阳性CRC状态相关。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其用于确定个体是否具有增加的患结肠直肠癌的风险或用于检测患有CRC的患者对CRC疗法的应答。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述CRC相关口腔细菌是选自表2。

9.根据权利要求7或权利要求8所述的方法，其中所述CRC相关口腔细菌是选自OTU0348(优选普雷沃菌属)、OTU0016(优选链球菌属)、OTU0283(优选坦纳菌属)、OTU0777(优选纤毛菌属)、OTU0050(优选韦荣球菌属)、OTU0161(优选毛螺菌科)以及OTU0174(优选金氏菌属)。

10.根据权利要求7所述的方法，其中所述口腔微生物群中的放线菌和/或厚壁菌门的相对丰度的增加指示所述个体患CRC的风险增加。

11.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其用于确定个体是否具有增加的患结肠息肉的风险或用于检测患有结肠息肉的患者对CRC疗法的应答。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述CRC相关口腔细菌是选自表3。

13.根据权利要求11或权利要求12所述的方法，其中所述CRC相关口腔细菌是选自OTU0008(优选罗斯氏菌属)、OTU0595(优选放线菌属)、OTU0176(优选弯曲杆菌属)、OTU0626(优选毛绒厌氧杆菌属)以及OTU0431(优选普雷沃菌属)。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其包括测定来自所述个体的粪便样品中多种CRC相关粪便细菌的丰度的另一步骤，其中所述多种CRC相关粪便细菌以及所述多种CRC相关口腔细菌的受调丰度指示阳性CRC状态。

15.根据权利要求14所述的方法，其中至少五种CRC相关粪便细菌的受调丰度指示阳性CRC状态。

16.根据权利要求14或权利要求15所述的方法，其中所述阳性CRC状态是所述个体患结肠直肠癌的风险增加，并且所述CRC相关粪便细菌是选自表5。

17.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中检测到表8中至少五种粪便细菌和至少五种口腔细菌的受调丰度指示所述个体患结肠直肠癌的风险增加。

18.根据权利要求14或权利要求15所述的方法，其中所述阳性CRC状态是所述个体患结肠息肉的风险增加，并且所述CRC相关粪便细菌是选自表6。