[发明专利]用于分析相联系核酸的试剂和方法

权利要求书

1.对包含循环微粒之样品中的基因组DNA进行测序的方法，其中所述循环微粒是膜囊泡，其中所述循环微粒包含至少两个基因组DNA片段，并且其中所述方法包括：

(a)制备用于测序的样品，其包括将所述至少两个基因组DNA片段中的至少两个附接至条码序列或条码序列组的不同条码序列，以产生至少两个相联系基因组DNA片段的组；以及

(b)对所述组中每个相联系片段进行测序以产生至少两个相联系的序列读取。

2.权利要求1所述的方法，其中将所述循环微粒的至少3个、至少4个、至少5个、至少10个、至少50个、至少100个、至少500个、至少1000个、至少5000个、至少10,000个、至少100,000个、或至少1,000,000个基因组DNA片段相联系，并随后进行测序以产生至少3个、至少4个、至少5个、至少10个、至少50个、至少100个、至少500个、至少1000个、至少5000个、至少10,000个、至少100,000个、或至少1,000,000个相联系的序列读取。

3.权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述循环微粒的直径为100至5000nm。

4.权利要求1或权利要求2中任一项所述的方法，其中所述相联系基因组DNA片段源自单个基因组DNA分子。

5.权利要求1或权利要求2中任一项所述的方法，其中所述方法还包括估计或确定所述相联系基因组DNA片段的基因组序列长度。

6.权利要求1或权利要求2中任一项所述的方法，其中所述方法还包括从血液、血浆或血清中分离所述循环微粒的步骤。

7.权利要求6所述的方法，其中所述分离步骤包含离心。

8.权利要求6所述的方法，其中所述分离步骤包含尺寸排阻色谱法。

9.权利要求6所述的方法，其中所述分离步骤包含过滤。

10.权利要求1、2和7至9中任一项所述的方法，其中所述样品包含第一和第二循环微粒，其中每个循环微粒是膜囊泡，其中每个循环微粒包含至少两个基因组DNA片段，并且其中所述方法包括进行步骤(a)以产生所述第一循环微粒的第一组相联系基因组DNA片段和所述第二循环微粒的第二组相联系基因组DNA片段，以及进行步骤(b)以产生所述第一循环微粒的第一组相联系序列读取和所述第二循环微粒的第二组相联系序列读取。

11.权利要求1、2和7至9中任一项所述的方法，其中所述样品包含n个循环微粒，其中每个循环微粒是膜囊泡，其中每个循环微粒包含至少两个基因组DNA片段，并且其中所述方法包括进行步骤(a)以产生n组相联系基因组DNA片段，所述n个循环微粒中的每一个一组，并且进行步骤(b)以产生n组相联系的序列读取，所述n个循环微粒中的每一个一组。

12.权利要求11所述的方法，其中n是至少3个、至少5个、至少10个、至少50个、至少100个、至少1000个、至少10,000个、至少100,000个、至少1,000,000个、至少10,000,000个、或至少100,000,000个循环微粒。

13.权利要求10所述的方法，其中在步骤(a)之前，所述方法还包括将所述样品分配到至少两个不同反应体积中的步骤。

14.制备用于测序之样品的方法，其中所述样品包含循环微粒，其中所述循环微粒是膜囊泡，其中所述循环微粒包含至少两个基因组DNA片段，并且其中所述方法包括将所述循环微粒的至少两个基因组DNA片段附接至条码序列或条码序列组的不同条码序列，以产生相联系基因组DNA片段的组。