[发明专利]用于检测循环肿瘤DNA的组合物和方法

说明书

本技术提供了多核苷酸组合物和使用其检测患者体内循环肿瘤DNA(ctDNA)的方法。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年12月28日美国临时专利申请案号62/439,574的权益和优先权，其公开内容通过引用以其整体并入本文。

技术领域

本技术涉及多核苷酸衔接子组合物和使用其检测样品(如例如从受试者中获得的无细胞核酸样品)中循环肿瘤DNA(ctDNA)的方法。还提供了用于实践所述方法的试剂盒。

背景技术

下文提供对本技术背景的说明仅仅是为了帮助理解本技术，并且不承认该说明描述或构成本技术的现有技术。

肿瘤不断地使DNA流入循环(ctDNA)，所述DNA在循环中容易获得(Stroun等人,EurJ Cancer Clin Oncol 23:707-712(1987))。对这种癌症衍生的无细胞DNA(cfDNA)的分析具有彻底变革癌症检测、肿瘤基因分型和疾病监测的潜力。例如，对于实体瘤，通过液体活组织检查非侵入性地获得肿瘤衍生的DNA特别具有吸引力。然而，在大多数早期实体瘤和许多晚期实体瘤中，ctDNA血液水平极低(Bettegowda,C.等人,Sci.Transl.Med.6:224ra24(2014)；Newman,A.M.等人,Nat.Med.20:548–554(2014))，因此使ctDNA检测和分析复杂化。有几个因素影响ctDNA检测限，但是cfDNA分子的回收和文库制备及测序过程中引入的非生物学错误限制了分析灵敏度，并且继续代表超灵敏ctDNA谱分析的主要障碍。

因此，需要更灵敏和高通量的方法来检测和监测癌症患者中肿瘤衍生的核酸。

本技术内容

本文公开的方法和多核苷酸衔接子组合物涉及衍生自被诊断患有或疑似患有癌症的受试者的样品中存在的ctDNA中的突变的检测。预期本文公开的方法允许对一个或多个癌症相关基因(包括但不限于ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KIT、KRAS、MET、NRAS、NTRK1、PIK3CA、ROS1和RET)的外显子和/或内含子中的各靶核酸序列中的ctDNA突变进行快速和灵敏检测以及谱分析。本文公开的方法提供了使用检测限的精确分析模型实现的超灵敏ctDNA谱分析的框架。对于DNA含量有限的样品，这些品质改善了先前方法的检测限。

在一个方面，本公开提供了包含第一寡核苷酸链和第二寡核苷酸链的核酸衔接子，其中(a)第一寡核苷酸链(i)包含第一近端区和第一远端区，其中第一近端区包含第一独特分子标识符序列和具有序列5'TGACT 3'(SEQ ID NO:__)的第一间隔区序列，其中第一间隔区序列位于第一独特分子标识符序列的3'处；(ii)不包含简并或半简并序列；(b)第二寡核苷酸链(i)包含第二近端区和第二远端区，其中第二近端区包含第二独特分子标识符序列和具有序列5'GTCA 3'(SEQ ID NO:__)的第二间隔区序列，其中间隔区序列位于第二独特分子标识符的5'处；(ii)不包括简并或半简并序列；(c)第一寡核苷酸链的第一近端区域与第二寡核苷酸链的第二近端区域杂交；并且(d)第一寡核苷酸链的第一远端区域不与第二寡核苷酸链的第二远端区域杂交。在所述核酸衔接子的一些实施方案中，位于第一间隔区序列的3'端的“T”核苷酸含有硫代磷酸酯键。