[发明专利]一种基于分子对接技术的代谢物肽适体快速筛选方法

权利要求书

1.一种基于分子对接模拟计算技术的代谢物肽适体快速筛选方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

（1）确定目标代谢物；

（2）获得潜在的与目标代谢物具有结合力的多肽库：

①目标代谢物代谢相关蛋白一级序列的获得：在蛋白库中搜索目标代谢物的感知、转运及代谢相关的蛋白，并查询保存这些蛋白的一级氨基酸序列；②目标代谢物潜在肽适体冗余库构建：以目标代谢物的感知、转运及代谢相关的蛋白的一级氨基酸序列为基础，将所有蛋白氨基酸序列连接成一个长度为x个氨基酸残基组成的长肽链，连接方式为第n条氨基酸序列的C末端与第n＋1（n≥1）条氨基酸序列的N末端相连；设定短肽长度为y，切割方式为以前一步获得的长肽链为基础，从第1个氨基酸N末端开始到第y个氨基酸的C末端切断得到第1条短肽，从第2个氨基酸N末端开始到第y＋1个氨基酸的C末端切断得到第2条短肽，以此类推，得到容量为x-y+1个长度为y的目标代谢物肽适体冗余库Library1；③重复序列去除：对目标代谢物潜在肽适体冗余库Library1进行去重，若短肽库中的短肽链从N末端到C末端的氨基酸序列完全一致将被认定为重复，重复序列仅保存其中一条，去除重复序列后得到目标代谢物潜在肽适体非冗余库Library2；

（3）将目标代谢物潜在肽适体非冗余库Library2中的所有多肽与目标代谢物进行分子对接模拟计算预测，筛选出可与目标代谢物特异结合的多肽，即为目标代谢物肽适体。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤（3）所述的分子对接模拟计算预测的具体步骤包括：

1）确定目标代谢物并建立代谢物结构参数的配体.pdb文件；

2）准备目标代谢物肽适体非冗余库Library2中多肽结构参数，建立受体.pdb文件；

3）基于配体.pdb和受体.pdb文件，预先计算对接配体中每一个原子类型的格点图；

4）基于配体.pdb和受体.pdb文件，建立对接参数文件；

5）基于步骤1)至步骤4)生成的文件进行对接计算，对接结果保存在结果.pbf文件中。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤（3）之后还包括将代谢物肽适体与目标代谢物在工作条件下的特异性结合力的验证步骤。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，目标代谢物肽适体库构建方法是以试验验证后的长度为y的代谢物肽适体为基础，设计新的多肽库Library3，经分子对接模拟计算预测和特异性结合试验验证后即得氨基酸肽适体优化库Library4。