[发明专利]一种凡纳滨对虾comp60701微卫星标记候选序列的筛选方法在审
| 申请号： | 201810011244.8 | 申请日： | 2018-01-05 |
| 公开（公告）号： | CN108467893A | 公开（公告）日： | 2018-08-31 |
| 发明（设计）人： | 钟声平;赵艳飞;宋志飞;王贤丰 | 申请（专利权）人： | 广西壮族自治区海洋研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12Q1/6827 |
| 代理公司： | 北海市佳旺专利代理事务所(普通合伙) 45115 | 代理人： | 黄建中 |
| 地址： | 536000 广西壮*** | 国省代码： | 广西;45 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 凡纳滨对虾 微卫星标记 筛选 候选序列 特异性引物 聚丙酰胺凝胶电泳 生物信息学分析 微卫星多态性 全基因组DNA 多态性检测 多态性筛选 多态性位点 微卫星位点 基因分型 转录序列 混合样 转录组 检测 测序 构建 位点 验证 | ||
1.一种凡纳滨对虾comp60701微卫星标记候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括下述具体技术步骤：
（1）筛选候选序列
使用软件SciRoKo 3.4检索转录本，检索出含有微卫星序列的unigenes，并筛选微卫星核心序列重复次数超过6次的位点为候选序列；
（2）筛选候选微卫星位点
其候选comp60701的基因序列为：
GTTGGGTTTCAAATATGTATTTCAGATTTGCATTTATATTTTTATTTCTCAGATTTTCAACTTTGCTGTTATTCATACTAACAATAACCTGTTACTAGCTAGAAATCCATATAAGAGGGTAGACAATGTACAAGGTTACTGCATAATGGATAGATTAAGGTATCCATTTTCTCATGGTAATACAAGAGAAAGGTAAAAGTGCCAT
（3）设计特异性引物
软件primer 3设计微卫星comp60701位点的特异性引物，其正链引物：5’-CAATGTACAAGGTTACTGC -3’，负链引物：5’- ACTCGGGTACAATCGTTC -3’。
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