[发明专利]一种从马氏珠母贝基因组中高通量开发SNP位点和InDel的方法

说明书

本发明公开了一种从马氏珠母贝基因组中高通量开发SNP位点和InDel的方法。该方法包括以下步骤：提取待测马氏珠母贝品系的基因组DNA；利用双链片段化酶片段化基因组DNA；DNA片段末端修复、磷酸化并加ploy(A)；经修复后的DNA片段连接接头并用磁珠法筛选300～400 bp片段；PCR文库富集及纯化；上机测序；测序数据过滤、与参考基因组进行比对、SNP和InDel检测。采用以上高通量测序技术开发马氏珠母贝基因组SNP和InDel，速度快、成本低、效率高，通过一次测序可以获得大量SNP和InDel，对于马氏珠母贝基因组的深入研究意义深远。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种从马氏珠母贝基因组中高通量开发SNP位点和InDel的方法。

背景技术

单核苷酸多态性标记（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）是继扩增片段长度多态性（AFLP）、微卫星（SSR）等之后的新一代分子标记（Lander，1996）。由于具有数量多、密度大、遗传稳定性高、便于高通量自动化检测分析等优点，SNP标记被广泛应用于高密度遗传连锁图谱构建、基因定位、品种鉴定、群体遗传学研究和分子辅助育种等领域（Liu etal.，2004；Mir et al.，2013；张晓萌等，2013）。同时，SNP标记的准确性和重现性也优于其它分子标记，因此，SNP标记在遗传研究中具有广阔的应用前景。

随着具有高通量、低成本、测序错误率低、测序读长较长等特点的新一代测序技术和生物信息学的发展，使得高通量分子标记开发成为可能。目前，尚未有高通量开发马氏珠母贝基因组SNP标记的方法的相关报道。

发明内容

本发明利用高通量测序技术可以一次性大量获得马氏珠母贝基因中的SNP位点和InDel。

本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种从马氏珠母贝基因组中高通量开发SNP位点和InDel的方法。

为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

一种大规模开发马氏珠母贝基因组SNP标记的方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1. 提取待测马氏珠母贝品系的基因组DNA；

S2. 片段化基因组DNA；

S3. DNA片段末端修复、磷酸化并加腺嘌呤尾巴；

S4.将步骤S3的产物连接接头并筛选300～400 bp片段；

S5.PCR文库富集及纯化；

S6.上机测序；

S7.测序数据分析。

优选地，步骤S1中，使用CTAB法提取基因组DNA。

优选地，步骤S2中，使用双链片段化酶片段化基因组DNA。

优选地，步骤S2中，所述片段化的反应体系为：基因组DNA 5ng～3μg、ReactionBuffer 2μL、双链片段化酶 0.12μL，加双蒸水至18μL体系；反应条件为：37 ℃，15h。

优选地，所述DNA片段末端修复、磷酸化并加腺嘌呤尾巴的反应体系为：End PrepEnzyme Mix 3μL、End Repair Reaction Buffer6.5μL、上一步反应产物 55.5μL；反应条件为：20 ℃，30 s； 65 ℃，30 s。