[发明专利]用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、试剂盒与应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、试剂盒与应用。

背景技术

肿瘤免疫疗法是肿瘤治疗领域中最具前景的研究方向之一，其中免疫检查点阻断疗法取得了历史性的疗效，在一部分患者中达到了显著的抑制肿瘤生长和清除肿瘤的作用。这种疗法基于阻断PD-1/PD-L1免疫检查点通路的原理，采用PD-1或PD-L1的特异性抗体注射入肿瘤患者体内，使得肿瘤不再具备逃避免疫系统攻击的能力，从而促进机体清除肿瘤细胞。从2014年PD-1抗体被美国食品药品监督管理局批准用于治疗黑色素瘤以来，还有非小细胞型肺癌等其他肿瘤被列入适用范围。

由于只有一部分患者对免疫检查点阻断疗法比较敏感，所以选择适合该疗法的患者对于治疗的成败至关重要。目前比较常用的疗效预测因子包括PD-L1的表达量、错配基因修复缺失(MMR)、微卫星不稳定(MSI)、突变负荷等。首先，多项临床研究表明PD-L1表达量升高的肿瘤患者采用免疫检查点阻断疗法后获益更多。另外，如果在直肠癌中出现错配基因修复缺失(MMR)以及微卫星不稳定(MSI)的患者，使用PD-1/L1抑制剂的疗效更好。肿瘤突变负荷也是疗效相关的因素，通常检测到肿瘤突变负荷大于20即为高负荷状态，那么这一类患者接受PD-1/L1抑制剂会出现相对较好的疗效。

值得关注的是，上述预测免疫检查点阻断疗法效果的方法准确率仍然不理想，一些标志物例如突微卫星不稳定和变负荷的检测成本相对比较高。因此需要发准确率更高、使用更加简便、成本更低、更容易推广应用的标志物，以促进免疫检查点阻断疗法以及肿瘤免疫疗法的治疗效果。

棕榈酰化修饰蛋白质酰基转移酶3(DHHC3)是一种参与蛋白质翻译后修饰过程的酶，使蛋白质的半胱氨酸残基发生棕榈酰化修饰，并影响其与细胞膜的结合。近期研究提示DHHC3的底物可能包括整合素B4亚型(Integrinβ4)、神经软骨蛋白(neurochondrin)、突触小体相关蛋白(snap25)等，但是目前尚没有关于DHHC3参与PD-1/PD-L1免疫检查点信号通路的调控的报道，相应地也没有关于DHHC3可能用于预测癌症免疫检查点阻断疗法或其他肿瘤免疫疗法的效果的报道。

发明内容

有鉴于现有技术的上述缺陷，本发明提供了一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物、一种用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒以及一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用。具体的技术方案如下：

本发明在第一方面提供了一种用于预测癌症免疫治疗效果的生物标志物，棕榈酰化修饰蛋白质酰基转移酶3，即DHHC3。

本发明在第二方面提供了一种用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒，其至少包括针对DHHC3基因的特异性引物。

在一个较优实施例中，上述针对DHHC3基因的特异性引物的上游引物如SEQ ID NO:1所示，下游引物如SEQ ID NO:2所示。

进一步地，上述试剂盒还包括用于标准化的内参肌动蛋白基因的引物。

在一个较优实施例中，上述内参肌动蛋白基因的引物的上游引物如SEQ ID NO:3所示，下游引物如SEQ ID NO:4所示。

本发明在第三方面提供了一种生物标志物在制备用于预测癌症免疫治疗效果的试剂盒中的应用，包括以下步骤：

步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，测量受试者的肿瘤组织样品中DHHC3标志物的含量；

步骤2、将步骤1中的测量值与预设的界定值进行比较，若该测量值高于该界定值，则预测该免疫检查点阻断治疗有效。

优选地，上述应用采用逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行，包括以下步骤：

步骤1、在进行免疫检查点阻断治疗之前，对受试者的肿瘤组织样品进行RNA抽提和逆转录，采用定量聚合酶链反应分别扩增DHHC3基因和内参肌动蛋白基因，将产物定量和均一化后，进行数据分析；

步骤2、计算DHHC3基因的Ct值与内参肌动蛋白基因的Ct值之差△Ct，通过△Ct计算DHHC3的相对表达量为0.5^(△Ct)；

Ct值的含义是：每个反应管内的荧光信号到达设定的阈值时所经历的循环数；聚合酶链反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号，荧光阈值的缺省设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍；

步骤3、采用界定值(cut-off)进行分类的方法，将步骤2中的DHHC3的相对表达量与界定值进行比较，若DHHC3的相对表达量高于该界定值，则预测免疫检查点阻断治疗有效。