[发明专利]与水稻抗旱相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及生物分子标记领域，具体公开了与水稻抗旱相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记来自LOC_Os03g20680基因，该SNP分子标记位于水稻第3染色体11,700,160bp位置，碱基为T或A。所述SNP分子标记与水稻干旱胁迫条件下的株高显著相关，位点基因型为A/A的水稻品种在干旱胁迫导致的株高降低的程度显著低于位点基因型为T/T的水稻品种，即位点基因型为A/A的水稻品种的抗旱性显著的优于即位点基因型为T/T的水稻品种。同时依据此SNP位点设计了PCR引物，引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。利用本发明的SNP分子标记可用于水稻抗旱育种，加速水稻抗旱新种质的创制和水稻抗旱分子育种的进程。

技术领域

本发明涉及生物分子标记领域，具体地说，涉及与水稻抗旱相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的三大粮食作物之一，是世界2/3人口的主要食物来源。随着人口与经济的快速增长，粮食生产面临着巨大的发展压力，而水稻安全生产对于中国的可持续发展至关重要。近年来，我国气候变化异常，极端天气频发，其中干旱胁迫已成为威胁水稻生产的重要障碍因素之一，对我国水稻生产带来了严重威胁。如何有效解决水稻生产用水需求与干旱缺水之间日益尖锐的矛盾是我国粮食安全面临的最严峻挑战。生产实践证明，培育和种植节水抗旱水稻品种是减少干旱损失最经济有效的措施。发掘水稻抗旱性状相关基因，开发与抗旱性状紧密相关的分子标记，通过分子标记辅助选择利用新基因或与已知优良基因进行聚合对于培育抗旱水稻品种具有重要意义。

关联分析(Association analysis)是以连锁不平衡为基础，利用群体在自然选择和人工选择中发生的重组和遗传多样性来鉴定目标性状的功能位点或功能基因的方法，又可称为连锁不平衡分析(LD mapping)。与传统的双亲连锁分析相比，关联分析具有花费时间短、精度准和效率高的优点。能够发掘同一QTL位点在群体中所有的等位基因型，极大提高了功能基因在育种改良中的实用价值。随着高通量测序技术的发展，全基因组关联分析(GWAS)已经成为重要农艺性状相关特别是多基因控制的数量性状QTL/基因鉴定的重要方法。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)主要是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换、缺失和插入等形式。SNP在水稻基因组中的分布相当广泛，随着高通量测序技术的进步，SNP已经成为了新一代的分子标记。根据SNP在基因组中分布的位置可以分为基因编码区SNP(cSNP)、基因间SNP(iSNP)和基因周边SNP(pSNP)，其中cSNP(功能标记)是根据功能基因内部引起表型性状变异的多态性基序开发出来的一种新型分子标记。由于来自基因内的功能性基序，此类标记不需要进一步验证就可以在不同的遗传背景下或者不同的水稻种质资源中确定目标等位基因的有无。

发明内容

为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种与水稻抗旱相关的SNP分子标记及其应用。

为了实现本发明目的，本发明的技术方案如下：

第一方面，本发明提供一种与水稻抗旱相关的SNP分子标记，所述分子标记来自LOC_Os03g20680基因，位于水稻第3染色体11,700,160bp位置，碱基为T或A。研究发现，干旱胁迫对碱基为A的水稻品种株高的影响显著低于碱基为T的水稻品种。

进一步地，所述SNP分子标记及其两端的侧翼序列组成的核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示，所述SNP分子标记在SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第421bp处存在T/A突变。

进一步地，本发明提供用于检测所述SNP分子标记的特异性引物，其特征在于，包括：

正向引物：5’-ATGGCGTCGAGGCAGGACA-3’；

反向引物：5’-TTGTCGGTGGCGTCGTCGT-3’。