[发明专利]与水稻苗期根长相关的SNP分子标记及其应用有效
| 申请号： | 201810060674.9 | 申请日： | 2018-01-22 |
| 公开（公告）号： | CN108034654B | 公开（公告）日： | 2020-06-02 |
| 发明（设计）人： | 傅彬英;王文生;黎志康;王银晓;赵秀琴;谢自艳;孙帆 | 申请（专利权）人： | 中国农业科学院作物科学研究所;中国农业科学院深圳生物育种创新研究院 |
| 主分类号： | C12N15/11 | 分类号： | C12N15/11;C12Q1/6895 |
| 代理公司： | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人： | 王文君;王璐 |
| 地址： | 100081 北*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 水稻 苗期 相关 snp 分子 标记 及其 应用 | ||
1.与水稻苗期根长相关的SNP分子标记的检测试剂在鉴定水稻苗期根长水平中的应用，其特征在于，包括如下步骤：
1）提取待测水稻样品的基因组DNA；
2）以待测水稻样品的基因组DNA为模板，利用特异性引物进行PCR扩增反应，获得扩增产物片段；
所述特异性引物包括：
正向引物：5’-AAGCCCTAATCACCCAGAC-3’；
反向引物：5’-TGTAGTGGAACCCGTGGACT-3’；
3）检测PCR扩增产物片段的第456 bp处的碱基种类，判断样品的苗期根长，位点基因型为T/T的水稻品种的苗期根长显著长于位点基因型为C/C的水稻品种；
所述SNP分子标记来自LOC_Os08g31580基因，所述SNP分子标记及其两端的侧翼序列组成的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SNP分子标记在SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第456bp处存在C/T突变。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，步骤2）中PCR 反应使用的扩增体系以20μL计为：
50-100ng/μL模板DNA 1μL；
10pmol/μL正向引物 1μL；
10pmol/μL反向引物 1μL；
2×PCR buffer for KOD FX Neo 10μL；
PCR grade water 2.5μL；
2mM dNTPs 4 μL；
1.0U/ μL KOD FX Neo 0.5 μL。
3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，步骤2）中PCR 反应的条件为：
①95℃预变性2分钟；
②98℃变性10 秒，53℃退火15秒，68℃延伸30秒，共33个循环；
③68℃保温5分钟。
4.与水稻苗期根长相关的SNP分子标记的检测试剂在水稻苗期根长状改良及分子育种中的应用，所述SNP分子标记来自LOC_Os08g31580基因，所述SNP分子标记及其两端的侧翼序列组成的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SNP分子标记在SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第456bp处存在C/T突变。
5.用于检测与水稻苗期根长相关的SNP分子标记的特异性引物，其特征在于，所述SNP分子标记来自LOC_Os08g31580基因，所述SNP分子标记及其两端的侧翼序列组成的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SNP分子标记在SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第456bp处存在C/T突变；
所述特异性引物包括：
正向引物：5’-AAGCCCTAATCACCCAGAC-3’；
反向引物：5’-TGTAGTGGAACCCGTGGACT-3’。
6.含有权利要求5所述特异性引物的试剂。
7.含有权利要求5所述特异性引物的试剂盒。
8.权利要求7所述的试剂盒在辅助鉴定水稻苗期根长方面的应用。
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