[发明专利]一种生物多样性自动分析方法

说明书

本发明公开了一种生物多样性自动分析方法，其具体分析步骤如下：步骤一：引物24对，包含与illumina测序芯片匹配的序列、8碱基index序列、测序引物序列、差异序列、通用扩增引物序列，通过PCR反应得到上机测序的文库，并选择对应的测序模式；步骤二：下机数据bcl2fastq软件转化成fastq格式，并加参数“‑create‑fastq‑for‑index‑reads”；步骤三：通过过滤软件BBDuk软件包，使用Phred算法截取低质量序列；步骤四：使用QIIME包中的脚本对拼接好的Tags序列进行二次过滤。本发明压缩项目周期，改进了建库方法，数据过滤的方法和软件，有效降低嵌合体和测序错误带来的分析偏差，而且，即便由于微生物多样性项目，也能从数据生产到过滤成cleantags过程统一做，不用区分每个项目，节约了处理时间。

技术领域

本发明涉及生物多样性分析领域，特别涉及一种生物多样性自动分析方法。

背景技术

微生物多样性分析项目，样本数量多，建库周期长，每个样品的数据量不均衡，过滤标准不一，且聚合酶链式反应(PCR)过程中会出现嵌合体，容易影响后续分析，而且，随着微生物分析数据量不断增大，标准分析流程日趋成熟，对如何能有创新性、快速、高效、可视化进行标准流程分析，更深入的进行个性化分析已经成为一个挑战。

因此，发明一种生物多样性自动分析方法来解决上述问题很有必要。

发明内容

本发明的目的在于提供一种生物多样性自动分析方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种生物多样性自动分析方法，其具体分析步骤如下：

步骤一：24对引物包含与illumina测序芯片匹配的序列、8碱基index序列、测序引物序列、差异序列、通用扩增引物序列，通过PCR反应得到上机测序的文库，并选择对应的测序模式；

步骤二：将下机数据使用bcl2fastq软件转化成fastq格式，并向转化后的格式文件中加参数“-create-fastq-for-index-reads”；

步骤三：通过过滤软件BBDuk软件包，使用Phred算法截取低质量序列；

步骤四：使用QIIME包中的脚本对拼接好的Tags序列进行二次过滤，将得到的有效序列用于后续分析，使结果更加准确，并得到所有样品的fasta文件；

步骤五：由于设计引物的时候加入了差异序列，因此，用cutadapt软件包对所有样品的fasta文件进行过滤，把测序引物和差异序列截掉；

步骤六：综合使用usearch、vsearch软件对Tags序列进行OTU聚类；

步骤七：使用Greengene数据库对OTU进行注释，并进行后续分析。

优选的，所述步骤一中的文库带有双端index，所述测序模式选择251，8，8，251模式。

优选的，所述步骤二中的下机数据bcl2fastq软件自带的自动化脚本为perl/data/wqsun/perl/Bcl2fastq/bcl2raw_fastq.pl-i-oout_raw-pmiseq-t12。

优选的，所述步骤四中的有效序列为split_libraries_fastq.py-i$out_dir/barcodefile/reads.fastq-b$out_dir/barcodefile/barcodes.fastq-m$out_dir/mapping.txt-barcode_type16-o$out_dir/03.split_libraries_fastq/。