[发明专利]检测水稻粒形QTLqGL35.1上细长粒等位基因的特异性PCR分子标记

说明书

本发明提供了检测水稻粒形QTL（quantitative trait loci,数量性状座位）qGL35.1上珍汕97细长粒等位基因的12个特异性PCR标记，分别为Wn35243、Wn35257、Wn35376、Wn35381、Wn35386、Wn35411、Wn35424、Wn35434、Wn35472、Wn35480、Wn35485和Wn35496，特征在于其PCR引物。利用这12个标记对水稻DNA进行鉴定，可以检测待测材料是否在目标座位上转入水稻品种珍汕97的细长粒等位基因，即是否具有减小粒宽、增加粒长、增加稻谷长宽比的能力，整个检测过程操作简单且准确性高。

一、技术领域

本发明涉及水稻育种中的检测技术领域，特别是检测水稻粒形QTL qGL35.1上珍汕97细长粒等位基因的12个特异性PCR标记。

二、背景技术

随着生活水平的提高，人们对稻米品质的要求越来越高。粒形是重要的水稻外观品质性状，主要由粒长、粒宽和长宽比决定。通常来说，我国南方地区喜欢食用粒宽小而粒长大的稻米，即细长形稻米。而且，粒宽小的稻米垩白米率和垩白度往往更低，市场价值更高。但是，粒宽的减小往往会带来粒重的降低，导致稻米产量降低。这在粒形QTL上表现得十分明显。目前克隆了9个控制粒宽的QTL，在其中8个上，小粒宽的等位基因会导致粒重降低。这给水稻粒形的改良带了挑战。选择对粒重不具有显著效应的粒形QTL开发DNA标记，用于水稻粒形分子辅助育种，能够有效解决这一问题。

专利权人将控制水稻粒形和粒重的QTL qTGW1.2c^[1]分解为两个新的QTL。其中，qGL35.1仅控制粒形，而对粒重无显著作用。该QTL座位上，来自珍汕97的等位基因可以显著减小粒宽、增大粒长、增加稻谷长宽比，使得水稻粒形变得细长。本发明在此基础上，根据水稻品种珍汕97和密阳46的重测序结果，针对qGL35.1所在区间进行序列比对，设计插入缺失(InDel)标记，并从中挑选出可特异性鉴定珍汕97等位基因的标记。本发明提供的分子标记对水稻粒形QTL qGL35.1上珍汕97细长粒等位基因的检测具有普遍应用价值，可以广泛地应用于qGL35.1细长粒等位基因的转育研究中。

三、发明内容

本发明解决的技术问题是提供了检测qGL35.1上珍汕97细长粒等位基因的特异性分子标记12个。

本发明采用以下技术方案：根据密阳46和珍汕97的重测序结果，对qGL35.1所在区间及其紧密连锁区间的序列进行比对，根据插入和缺失情况，在该区段设计了15个Indel标记，经实验室鉴定验证，筛选出12个在两个品种中具有多态性的标记。分别命名为Wn35243、Wn35257、Wn35376、Wn35381、Wn35386、Wn35411、Wn35424、Wn35434、Wn35472、Wn35480、Wn35485和Wn35496；

Wn35243的上游引物序列为5'-CCGGGATGATACATTAAACCAA-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列；

Wn35243的下游引物序列为5'-CAGAAATGGCCTAAATCCAC-3'，所述核苷酸序列为SEQID NO:2所示的核苷酸序列；

Wn35257的上游引物序列为5'-CACCCATATATACTGGCAAT-3'，所述核苷酸序列为SEQID NO:3所示的核苷酸序列；

Wn35257的下游引物序列为5'-CCCTTCCGAAATAACCCAA-3'，所述核苷酸序列为SEQID NO:4所示的核苷酸序列；

Wn35376的上游引物序列为5'-CCACATAAAGCCCAAACCAA-3'，所述核苷酸序列为SEQID NO:5所示的核苷酸序列；

Wn35376的下游引物序列为5'-TTTACATAATTAATACGGGATTGC-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列；