[发明专利]基于硅藻DNA焦磷酸测序图谱解析的法医学溺死地推断方法

权利要求书

1.一种基于硅藻DNA焦磷酸测序图谱解析的法医学溺死地推断方法，其特征在于按照以下步骤进行：

(1)提取溺死者肺中硅藻样本DNA和可疑溺死地点水体样本中硅藻DNA；所述的提取溺死者肺中硅藻样本DNA是对样本反复冻融，机械破碎组织后利用蛋白酶K直接消化，通过吸附柱回收组织-硅藻混合DNA；

(2)针对硅藻DNA条码基因rbcL(Ribulose-1，5-Bisphosphate Carboxylase/oxygenase Large subunit)编码1，5-二磷酸核酮糖羧化酶大亚基，设计种属特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction)PCR引物进行PCR扩增，对PCR扩增得到硅藻基因按照碱基分配顺序进行焦磷酸测序，分别获得溺死者肺组织中以及可疑溺死地点水体样本中硅藻rbcL基因的焦磷酸测序图谱；

所述的硅藻rbcL基因PCR引物序列为：

上游引物rbcL-F：5’-GGTAAATTAGAAGGTGATCCTTTA；

下游引物rbcL-R：5’-GTRCCACCACCRAATTGTA，5’端标记有生物素，序列中的R代表A或G；

所述的焦磷酸测序引物rbcL-S序列为：5’-CCTTTAATGATTAAAGGTTTCT；

所述的用于焦磷酸测序的碱基分配顺序为GAGCGACA GTCTGATCA GATAGTGACGTACATGTATACG T，其最大限度地区分不同种属的硅藻，使得不同藻种所生成的焦磷酸图谱差异性最大化；

(3)对焦磷酸测序图谱的峰高值进行解析，对焦磷酸测序图谱的峰高值进行解析是通过比对溺死者肺组织中以及对照水体样本中硅藻群的rbcL基因焦磷酸测序结果，推断溺死者肺中的硅藻是否来源于该水体，从而实现溺死地点的判断。

2.根据权利要求1所述的一种基于硅藻DNA焦磷酸测序图谱解析的法医学溺死地推断方法，其特征在于所述的焦磷酸测序图谱解析的方法是：用可疑溺死地DNA的焦磷酸信号作为训练集即过完备的数据字典，溺死者肺组织样本的焦磷酸峰高值直接以一列为一个样本的形式作为检测集；将训练集和检测集分别输入算法，输出结果为贡献系数和相关系数；其中，贡献系数表示字典中每一条条目对溺死者肺组织样本测序信号贡献大小，相关系数r表示被识别为有贡献的信号叠加后的结果和真实测序情况之间的差异；对溺死者肺中硅藻来源贡献系数最大的可疑溺死地，即溺死者肺中的硅藻来源，从而实现溺死地点的判断。