[发明专利]茶树网斑病毒的全基因序列及其检测方法

说明书

本发明公开了一种茶树网斑病毒及其全基因序列，以及茶树网斑病毒的检测方法，所述的茶树网斑基因组组序列及编码蛋白序列如SEQ ID NO:1所示，根据病毒的全基因序列设计出3对引物，并建立了病毒的定性和定量检测，本发明设计的引物具有特异性强、结果可靠，在普通PCR检测和荧光定量PCR检测中都有稳定可靠的表现，本发明所提供的引物信息及检测方法，可以为生产中快速鉴定存在叶色变异的茶树品种是否感染了茶树网斑病毒提供快速可靠的检测方法，也为科学研究中对病毒含量的准确检测提供了依据。

技术领域

本发明涉及分子生物工程技术领域，具体涉及一种茶树网斑病毒的全基因序列及其检测方法。

背景技术

茶树为多年生常绿木本植物，地理分布广。作为一种重要的经济作物，为世界茶叶消费提供原材料。茶树在三千年前就已经被人类发现并利用。由于茶树中富含多酚、茶氨酸、咖啡碱等具有抗氧化和抗菌功能的代谢成分，因此长期以来人们认为茶树不会感染病毒。

利用宏基因组技术在茶树黄色变异枝条中检测了一种可能引起叶色黄花症状的茶树病毒—茶树网斑病毒（tea plant line pattern virus, TPLPV），该病毒是在茶树中被首次发现和报道的病毒。以病毒感染的茶树叶片为植物材料，通过RNA提取及RACE克隆的方法获得了该病毒的完整基因组信息，并进行了深入分析。根据该病毒的基因组序列特性，设计了3对引物，用于检测该病毒在茶树及其他有机体中的存在，引物信息及检测方法，可以为生产中快速鉴定存在叶色变异的茶树品种是否感染了茶树网斑病毒提供快速可靠的检测方法，也为科学研究中对病毒含量的准确检测提供了依据。

发明内容

本发明的目的是提供一种茶树网斑病毒及其全基因序列。

本发明的另一目的是提供一种茶树网斑病毒的检测方法。

为了实现本发明的目的，本发明采用的技术方案如下：

茶树网斑病毒基因组序列及编码蛋白序列如SEQ ID NO:1 所示，茶树网斑病毒基因组序列一共包含3段，对应为TPLPV-RNA1，TPLPV-RNA2和TPLPV-RNA3，每段末端均有长度不一的poly(A)结构，TPLPV-RNA1，TPLPV-RNA2，TPLPV-RNA3的长度分别为3373 nt，2354nt，2142 nt。

本发明提供了TPLPV-RNA1在第30-3158碱基位置存在完整的开放阅读框，编码一个1042个氨基酸残基的甲基转移酶和解旋酶复合体；TPLPV-RNA2在第30-2120碱基位置存在完整的开放阅读框，编码一个696个氨基酸残基的RNA聚合酶；TPLPV-RNA3则包含2个开放阅读框，分别在第157-1026碱基位置和1204-1815碱基位置存在完整的开放阅读框，编码289和203个氨基酸长度的移动蛋白和外壳蛋白。

本发明提供了用于检测权利要求1所述茶树网斑病毒的特异性PCR引物，针对病毒基因组的3个片段对应设计了3对引物序列：

本发明还提供了基于普通PCR检测和荧光定量PCR检测茶树网斑病毒的方法，本发明还提供了利用上述引物进行普通定性PCR和荧光定量PCR检测。

本发明还提供了利用上述引物进行普通定性PCR和荧光定量PCR检测的步骤：

A：提取病毒感染的茶树叶片总RNA；

B：利用反转录试剂盒以兼并引物N25为合成引物，按照试剂盒要求合成cDNA模板；

C:将终产物稀释到800 µl 后用于普通定性PCR检测和荧光定量PCR检测。

本发明还提供了茶树网斑病毒的普通定性PCR检测方法，其中反应体系为：