[发明专利]一种榧树EST-SSR引物及品种指纹图谱构建方法有效
| 申请号： | 201810119231.2 | 申请日： | 2018-02-06 |
| 公开（公告）号： | CN108359738B | 公开（公告）日： | 2021-08-27 |
| 发明（设计）人： | 张敏;张迟;陈焘;金平;戴文圣 | 申请（专利权）人： | 浙江农林大学;景宁嘉树农业科技开发有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京众合诚成知识产权代理有限公司 11246 | 代理人： | 夏艳 |
| 地址： | 311300 浙*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 est ssr 引物 品种 指纹 图谱 构建 方法 | ||
【权利要求书】：
1.一种榧树EST-SSR引物，其特征在于，所述榧树EST-SSR引物序列为：SEQ ID NO：1-SEQ ID NO：40；
所述榧树EST-SSR引物的制备方法包括：
对细榧和圆榧不同发育时期的种仁进行转录组测序，以测序数据为基础，采用Primer3程序对含有SSR位点的Unigene序列设计引物；引物长度控制在20bp；退火温度58℃-62℃；上下游引物的Tm值相差不大于2℃；PCR产物长度100-300bp；GC含量40%-60%；每个位点产生3对候选引物；选取巴山榧，九龙山榧，长叶榧，日本榧，榧树作为模版对合成的EST-SSR进行筛选；
PCR扩增采用10μL体系，其中包括10× PCR Buffer Mg2+ 1μL，dNTP Mix 0.8 μL，上下游引物各0.5 μL，DNA模版0.5 μL，rTaq酶0.05μL，ddH2O 6.65μL；扩增程序为：95℃预变性5min；然后进行30次循环，每个循环包括94℃变性45 s，54-58℃退火30 s，72℃延伸1 min；最后72℃延伸10 min，4℃保存。
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