[发明专利]一种基于分子标记技术的农作物自交系类群的鉴定方法

权利要求书

1.一种基于分子标记技术的农作物自交系类群的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)建立农作物对照自交系的指纹信息库；

(2)划分对照自交系的类群；

(3)获取待测自交系指纹信息；

(4)计算待测自交系与对照自交系之间的遗传距离和对照样品所在类群的阈值，并判断遗传距离的最小值是否在该阈值范围内进而划分待测自交系的类群；

其中，步骤(1)建立农作物对照自交系指纹信息库包括以下步骤：

S1、农作物对照自交系样品的选择：若样品的类群信息已知，则从每个已知类群中选择5-10个样品组成对照自交系；或

若样品的类群信息未知，则1)样品代表性已知，选择公认的、种质资源官方的样品组成对照自交系，样品数不少于30个；或2)样品代表性未知，选择和待测农作物自交系有亲缘关系的样品组成对照自交系，样品数不少于30个；

S2、根据不同的基础条件、需求和不同的数据特征选择不同的分子标记检测平台；当选择SSR分子标记检测平台时，可用的位点数不少于30个；当选择SNP分子标记检测平台时，可用的位点数不少于300个；当选择InDel分子标记检测平台时，可用的位点数不少于300个；

S3、对对照自交系样品的指纹数据质量进行控制，包括位点数据质量的控制和样品指纹质量的控制；

所述位点数据质量从四个方面进行控制，分别是等位基因频率、多态性信息量、位点的样品缺失率、位点的样品纯合率；

所述样品指纹质量从两个方面进行控制，分别是样品的位点缺失率和样品的位点纯合率；

其中，步骤(2)划分对照自交系的类群的过程如下：

若对照自交系的类群信息未知，则步骤(2)的划分对照自交系的类群的方法步骤为：

A1、计算遗传距离；

A2、在遗传距离矩阵的基础上对未知类群的对照自交系进行聚类分析，根据聚类结果进行类群的划分；

A3、定义阈值：计算出类群内两两样品之间的遗传距离后，计算所有遗传距离的平均值和标准差s，将作为阈值的上限，下限不限，该阈值就是这个类群对应的阈值；

反之，若对照自交系的类群信息已知，则步骤(2)的划分对照自交系的类群的方法步骤为：

B1、计算遗传距离；

B2、定义阈值：计算出类群内两两样品之间的遗传距离后，计算所有遗传距离的平均值和标准差s，将作为阈值的上限，下限不限，该阈值就是这个类群对应的阈值。

2.根据权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(1)的S3位点数据质量控制中，

等位基因频率的控制方面，若采用SSR分子标记检测平台，则对照自交系样品指纹数据最大等位基因频率小于0.80；若采用SNP或InDel分子标记检测平台，则对照自交系样品指纹数据最小等位基因频率大于0.15；

多态性信息量的控制方面，若采用SSR分子标记检测平台，则对照自交系样品指纹数据的多态性信息量的值大于0.40；若采用SNP或InDel分子标记检测平台，则对照自交系样品指纹数据的多态性信息量的值大于0.20；

位点的样品缺失率控制方面，其计算公式为：LSMR＝Sn/St，其中，Sn是该位点数据缺失的样品数目，St是给定群体的样品总数；若采用SSR分子标记检测平台，则对照自交系样品的指纹数据的位点的样品缺失率小于0.20；若采用SNP或InDel分子标记检测平台，则对照自交系样品指纹数据的位点的样品缺失率小于0.10；

位点的样品纯合率控制方面，其计算公式为：LSHR＝Si/(St-Sn)，Sh+Si＝St-Sn，其中，Sh是该位点基因型为杂合类型的样品数目，Si是该位点基因型为纯合类型的样品数目，St是给定群体的样品总数，Sn是该位点数据缺失的样品数目；若采用SSR分子标记检测平台，则对照自交系样品的指纹数据的位点的样品纯合率的值大于0.75，若采用SNP或InDel分子标记检测平台，则对照自交系样品指纹数据的位点的样品纯合率的值大于0.90。