[发明专利]一种核酸复合体中核酸区段相互作用的分析方法

权利要求书

1.一种用于分析处于核酸复合体中的两个或更多个核苷酸区段之间相互作用的方法，其包括下列步骤：

(1)提供包含核酸复合体的样品；

(2)将步骤(1)获得的样品暴露于具有如下特征的限制性内切酶：其识别位点位于至少一个所述核苷酸区段的内部或者附近，进行酶切处理；

(3)对步骤(2)经限制性内切酶消化的样品进行连接操作；

(4)确定步骤(3)所得样品中经连接的两个或更多个核苷酸区段的序列；

其中步骤(1)所述样品是经过交联处理的；

所述限制性内切酶为HaeIII；

其中步骤(3)的连接为两步连接，所述连接采用桥接片段将步骤(2)酶切处理后的两个不同核酸片段的末端连接到一起，所述桥接片段是指将两个不同核酸片段的末端连接起来的一段双链核酸接头序列，并且所述桥接片段被标记物所标记，所述标记物标记于核酸双链中的任意一条链或者两条链同时被标记物所标记。

2.根据权利要求1所述的方法，所述的交联处理采用交联剂的方式进行，所述交联剂选自戊二醛、甲醛、环氧氯丙烷或甲苯二异氰酸酯。

3.根据权利要求1所述的方法，所述两个或更多个核苷酸区段是遗传调控序列。

4.根据权利要求1所述的方法，所述两个或更多个核苷酸区段分别与一个或更多个结合蛋白结合，所述结合蛋白选自转录因子、增强子结合蛋白、RNA聚合酶和/或CTCF。

5.根据权利要求1所述的方法，所述桥接片段的长度为10-60bp、15-55bp、20-50bp、25-45bp或30-40bp。

6.根据权利要求5所述的方法，所述桥接片段的长度为15bp、16bp、17bp、18bp、19bp、20bp、21bp、22bp、23bp、24bp、25bp、26bp、27bp、28bp、29bp、30bp、31bp、32bp、33bp、34bp或35bp。

7.根据权利要求1所述的方法，所述标记物是：同位素、生物素(Biotin)、地高辛(DIG)、荧光素或探针。

8.根据权利要求7所述的方法，所述荧光素是FITC或罗丹明。

9.根据权利要求1所述的方法，所述桥接片段与标记物的连接点位于桥接片段的5’末端、3’末端或者中间区域。

10.根据权利要求1所述的方法，步骤(4)中确定所述连接片段的序列时使用测序的方法。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述测序方法为sanger测序法、第二代测序、单分子测序和单细胞测序法。

12.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(4)在确定所述连接片段的序列前还包括解交联、核酸纯化、片段化、富集、构建文库和/或PCR扩增的步骤。