[发明专利]一种鹌鹑栗色羽性状相关的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鹌鹑栗色羽性状相关的分子标记及其应用，属于家禽分子标记（遗传标记）制备与应用技术领域。本发明以鹌鹑CCDC171基因N端第10‑393 bp序列上存在的一个A/G碱基突变作为鹌鹑栗色羽相关的遗传标记，可用于筛选出栗色羽公鹌鹑中的杂合型个体；还公开了该遗传标记的制备方法及其在鹌鹑栗色羽杂合型公鹌鹑筛选与鹌鹑自别雌雄配套系筛选中的应用。该方法准确率达99.6%以上，且可以充分利用纯系中本应淘汰的公鹌鹑和用于产蛋的母鹌鹑作为种用，大大提高了育种企业种鹌鹑的利用率，节约育种企业的养殖成本。

技术领域

本发明属于家禽分子标记（遗传标记）制备与应用技术领域，具体涉及一种与鹌鹑栗色羽相关的分子标记及其应用。所述的遗传标记克隆自鹌鹑CCDC171基因。

背景技术

鹌鹑是特种经济禽类，具有极高的食用价值和食疗功效。鹌鹑蛋营养丰富，蛋白质含量高，胆固醇含量低，随着人们生活水平的不断提高，鹌鹑蛋越来越受到消费者的青睐。鹌鹑的羽毛颜色是伴性遗传，由位于性染色体Z上的基因调控，已有研究表明黄羽对栗羽为隐性，且遵循隐性伴性遗传规律（庞有志等，蛋用鹌鹑自别雌雄配套系生产的遗传基础[J].中国家禽，2001,23（6）：37-38），在鹌鹑的常规育种过程中，由于蛋用鹌鹑出雏时体重较小（仅有7克左右），商品代鹌鹑一般只能通过羽色区分公母（黄羽个体为母鹌鹑，栗羽个体为公鹌鹑），通常选用黄羽系公鹌鹑与栗羽系母鹌鹑杂交建立自别雌雄配套系，其后代栗羽为公鹌鹑，黄羽为母鹌鹑。然而，由于纯系的个体不能在出雏时通过羽毛颜色区分公母，必须等到鹌鹑30日龄左右才能通过体型外貌区分，且黄羽系的母鹌鹑和栗羽系的公鹌鹑则一般不能被用于繁殖，这在很大程度上增加了鹌鹑育种企业的养殖成本。因此，将黄羽系母鹌鹑和栗羽系公鹌鹑合理利用并用于配种繁殖商品代鹌鹑，且商品代个体能够在出雏时根据羽色区分公母，尤其是区分栗羽公鹌鹑中纯合型和杂合型个体是鹌鹑育种工作中面临的一个亟需解决的问题。

近年来，分子生物技术的发展，为这一难题的解决提供了另一种思路。已有研究发现的与羽色相关的候选基因包括MC1R、TYR、TYRP、Agouti等，均对禽类的羽毛颜色具有一定的调控作用，但上述基因均不能用来区分不同羽色鹌鹑的性别。申请者在前期研究的基础上分析发现，CCDC171基因在黄羽鹌鹑和栗羽鹌鹑中的表达存在显著差异，且该基因位于鹌鹑性染色体Z上。然而关于CCDC171基因的功能研究及其对鹌鹑羽色的影响还未见报道。因此，申请人克隆了鹌鹑CCDC171基因的部分基因序列，利用该序列进行关联分析等研究，以期开发出一种能够区分栗羽鹌鹑性别的分子方法，用于合理利用已选育出的纯系鹌鹑，大大节约养殖成本。

发明内容

本发明要解决的技术问题是为了克服现有技术中缺乏鉴别栗羽公鹌鹑中羽色纯合基因型和杂合基因型的方法的缺陷，提供一种鹌鹑栗色羽杂合型相关的分子标记。

本发明的第二个目的在于提供所述分子标记的应用。

本发明的第三个目的是提供一种利用鹌鹑栗色羽相关的分子标记快速鉴别鹌鹑栗色羽相关基因型的方法，从而实现鉴别出栗色羽公鹌鹑纯合基因型和杂合基因型，建立利用栗色羽公鹌鹑与黄色羽母鹌鹑杂交自别雌雄生产商品代鹌鹑的目的。

本发明的目的通过以下技术方案实现：

本发明通过对不同羽色（黄羽和栗羽）的鹌鹑进行全基因组重测序分析，获得了一种鹌鹑栗色羽性状相关的遗传标记，它是鹌鹑CCDC171基因上的部分DNA片段，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，SEQ ID NO:1序列长度为384bp，位于鹌鹑CCDC171基因从N端第10-393bp处，其中该序列第210bp处的R是A或G（即存在一个A/G的突变），由于没有引起酶切位点的改变，因此，采用直接测序的方法进行上述位点的检测。

申请人提供了一种扩增上述鹌鹑CCDC171基因部分DNA片段的引物对，该引物对的DNA序列如下所示：

正向引物：5’- GGAAGCGGCAATTGGAGCAGC - 3’，与SEQ ID NO:2所示的序列对应。