[发明专利]水稻多样本变异整合图谱OsMS-IVMap1.0的创建

权利要求书

1.一种利用全基因组多样本多维度的变异信息创建变异整合图谱OsMS-IVMap1.0的方法，按照如下步骤进行：

1)通过基因组重测序获得候选样本的大量基因组reads信息，至少覆盖基因组长度10X以上；

2)将上述reads通过常规的序列比对方法与参考基因组进行比对，获取reads的物理位置信息，并生成包含SNP和短片段InDel变异信息的bam格式文件；

3)从bam文件中提取SNP信息数据集；通过设置参数，过滤SNP信息，获得缺失数据最少的高质量SNP数据集；所述参数设置为：每个位点的mapping质量值大于20、变异质量值大于50，而且每个碱基至少有来自2个以上reads数据的支持，MAF值＞0.001；

4)设置阈值，从bam文件中提取InDel信息，生成InDel数据集；所述阈值设置为：每个位点的mapping质量值大于20、变异质量值大于50，而且每个碱基至少有来自2个以上reads数据的支持，MAF值＞0.001；

5)利用NovoBreak软件将各样本基因组与参考基因组日本晴比较，检测长度在100bp以上的大片段插入、缺失和倒位的结构变异即SV信息，生成SV数据集；

6)统一SNP、InDel和SV这三个变异数据集的格式，生成表1所示的格式；

表1

CHR	POS	TYPE	REF	SNP|InDel	SV_Type	SV_CHR	SV_TPOS

；

7)依据以上变异在参考基因组日本晴的物理位置信息，将上述变异位点分染色体进行线性排列，生成变异整合框架图，生成表2所示的格式；

表2

8)对照框架图位置，将各个样本所包含的变异信息对照排列，空缺的部分用NA表示，生成包含至少3000以上样本的变异整合图谱数据集OsMS-IVMap1.0，具体样式表3所示；

表3

CHR	POS	TYPE	REF	SNP|InDel	SV_Type	SV_CHR	SV_TPO	SS_1	S_2
1	1002	SNP	T	C	NA	NA	NA	-	-
1	1003	SNP	A	T	NA	NA	NA	-	A
1	1016	InDel	TA	TAA,T	NA	NA	NA	0/0	0/0
1	1023	InDel	TA	TAA,T	NA	NA	NA	0/0	0/0
1	1030	InDel	TA	TAA,T	NA	NA	NA	0/2	0/0
1	1037	InDel	TA	TAA,T	NA	NA	NA	0/0	0/0
1	1044	InDel	TA	TAA,TCA,T	NA	NA	NA	0/0	0/0
1	1058	InDel	T	TA,TAA	NA	NA	NA	0/0	0/0
1	1060	InDel	A	AG,AC	NA	NA	NA	0/0	0/2
1	1064	SNP	T	C	NA	NA	NA	T	Y
1	1065	SNP	A	T	NA	NA	NA	A	W
1	1067	SNP	A	C,G	NA	NA	NA	A	A
1	1070	SNP	C	T	NA	NA	NA	C	C
1	1071	SNP	T	A	NA	NA	NA	T	W
1	1071	InDel	TAACCCTA	TAAAACCCTA,T,TAAACCCT	ANA	NA	NA	0/0	0/0
1	1073	InDel	A	AAC,AG	NA	NA	NA	0/0	0/0
1	1077	InDel	TA	TAA,T	NA	NA	NA	0/0	0/1
1	1078	SV	NA	NA	TRA	chr06	46612	0	0
1	1078	SV	NA	NA	TRA	chr06	60913	0	0
1	1078	SV	NA	NA	TRA	chr06	76456	0	0

。

2.利用权利要求1所述方法创建的变异整合图谱OsMS-IVMap1.0在水稻的分子遗传学和分子育种中应用。