[发明专利]利用lncRNA-mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法

权利要求书

1.一种利用lncRNA-mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1：实验分组

用吡柔比星处理人乳腺癌细胞，建立test组；

以未进行吡柔比星处理的人乳腺癌细胞，建立con组；

步骤2：RNA提取

提取test组和con组中人乳腺癌细胞的lncRNA和mRNA；

步骤3：lncRNA芯片数据差异性表达分析

(1)导入每个lncRNA探针的预设值；

(2)过滤掉在所有芯片的重复探针中Flag均为“-50”的lncRNA探针；

(3)将每张芯片所含重复探针的荧光强度值取中位数；

(4)计算每张芯片中重复探针的变异系数值；

(5)芯片间采用Invariant set标准化法进行数据均一化，在同样本重复探针中取平均值；

(6)依据实验设计和分组情况对lncRNA探针进行对比，计算|FC|2差异倍数；

(7)差异基因列表：选取满足|FC|2，P0.05的基因为差异基因；

(8)主成分和聚类分析：芯片讯号值经数据log转换及平均数中心化后，依需求筛选出适当数目的差异基因以平均连接算法进行聚类分析；

步骤4：lncRNA靶基因分析及调控网络构建

利用Targetscan数据库对lncRNA靶基因进行初步预测；利用DAVID数据库将mRNA靶基因进行KEGG通路富集分析，筛选出P＜0.05的基因通路。

2.根据权利要求1所述的利用lncRNA-mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，其特征在于，步骤1中的分组具体为：

test组：5μM吡柔比星处理的人乳腺癌细胞组，每组3个生物学重复；

con组：人乳腺癌细胞组，每组3个生物学重复。

3.根据权利要求1所述的利用lncRNA-mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，其特征在于，步骤2具体包括以下步骤：

(1)将生长在6cm平皿中至对数期的细胞移除培养液，PBS洗涤2次并弃去；

(2)向平皿中加入1～2mL Trizol试剂，用移液器反复吹打细胞层并收集至离心管中；

(3)向离心管中加入200～500μL三氯甲烷，上下充分震荡至液体完全乳化；室温静置5min；12000rpm、4℃离心15min；

(4)收集上层无色液体至另一离心管中，加入等体积异丙醇，上下充分混匀；室温静置10min；12000rpm、4℃离心10min；

(5)弃去上清液，避免接触到底部沉淀，沿管壁加入1mL75％乙醇溶液；转动离心管至液体充分润湿管壁；12000rpm、4℃离心5min；

(6)弃去上清液，避免接触到底部沉淀；将离心管放入超净台中，风干至底部沉淀透明；加入10～20μL的无核酸酶水溶解沉淀；-80℃保存。

4.根据权利要求1所述的利用lncRNA-mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，其特征在于，步骤4还包括以下步骤：

进一步筛选出与肿瘤相关通路，并按可被lncRNA调控的数量进行排序；将进一步筛选的通路相关靶基因进行整合，得到吡柔比星干预下的lncRNA的靶基因及lncRNA-mRNA共表达基因；

筛选差异表达的lncRNA和mRNA，筛选条件为|FC|2，P0.05。