[发明专利]检测水稻千粒重QTL qTGW10.2a上高千粒重等位基因的特异性分子标记

说明书

本发明提供了检测水稻千粒重QTL(quantitative trait loci,数量性状座位)qTGW10.2a上特青高千粒重等位基因的10个特异性PCR标记，分别为Te20848、Te20864、Te20873、Te20882、Te20894、Te20905、Te20927、Te20939、Te20973和Te20993，特征在于其PCR引物序列。利用这10个标记对水稻DNA进行鉴定，可以检测待测水稻材料是否在qTGW10.2a区间转入水稻品种特青的高千粒重等位基因，即是否具有提高水稻千粒重的能力，整个检测过程操作简单且准确性高。

一、技术领域

本发明涉及水稻育种中的检测技术领域，特别是检测水稻千粒重QTL qTGW10.2a上特青高千粒重等位基因的10个特异性PCR标记。

二、背景技术

水稻是最重要的粮食作物之一，提高其产量对解决粮食安全问题具有重大意义。千粒重作为水稻产量三要素之一，备受育种家关注。常规选育过程中，千粒重的测定一般是在水稻成熟后进行，整个过程周期长，样本量大，并需要大量人力，这些因素增加了育种成本而且延缓了育种进度。分子标记辅助选择是在基因克隆或定位的基础上，借助目标基因本身或与之紧密连锁的分子标记，在群体中选择具有某些理想基因型和基因型组合的个体并结合常规育种手段以培育优良品种的方法。目前，借助该技术已经在水稻抗病和抗虫等性状的改良中取得很大进展。同样，该技术也可以在水稻品种的千粒重改良上发挥重要。

专利权人前期在水稻第10染色体上定位到1个控制水稻千粒重的QTL，命名为qTGW10.2a。在该区间，来源于水稻品种特青的等位基因具有提高千粒重，增加粒长和粒宽的作用。本发明在此基础上，根据水稻品种特青和IRBB52的重测序结果，针对qTGW10.2a所在区间进行序列比对，设计序标位(STS)标记，并从中挑选出可特异性鉴定特青等位基因的标记。随着分子生物学的快速发展，分子标记的开发已经是一种最为普遍的技术之一，借助已公布水稻品种全基因组序列，可针对目标区间设计所需分子标记。但是这类分子标记仅仅是针对序列差异开发的分子标记，所检测到的等位基因并不一定具有高千粒重等位基因的功能，因为其不依赖于表型验证。而专利权人设计的PCR标记可以鉴定出携带高千粒重的特青等位基因，这类标记可直接应用到高千粒重特青等位基因的水稻分子标记辅助选择育种中，而非仅仅只是检测出在该分子标记座位上是否存在序列差异。

本发明提供的分子标记对水稻千粒重QTL qTGW10.2a上特青增效等位基因的检测具有普遍应用价值，可以广泛地应用于qTGW10.2a上特青增效等位基因的转育研究中。

三、发明内容

本发明解决的技术问题是提供了检测qTGW10.2a上特青高千粒重等位基因的特异性分子标记10个。

本发明采用以下技术方案：根据特青和IRBB52的重测序结果，对qTGW10.2a所在区间及其紧密连锁区间的序列进行比对，根据插入和缺失情况，在该区段设计了13个STS标记，经实验室鉴定验证，筛选出10个在两个品种中具有多态性的标记。

用于检测水稻千粒重QTL qTGW10.2a上特青高千粒重等位基因的10个特异性PCR标记名称为Te20848、Te20864、Te20873、Te20882、Te20894、Te20905、Te20927、Te20939、Te20973和Te20993，具体序列如下：

Te20848的上游引物序列为5'-TTAGCATCCATCACTCAAGCG-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列；

Te20848的下游引物序列为5'-TCGGATTTTATGGGATATAACCT-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列；

Te20864的上游引物序列为5'-CCAAGTTGATTTCTCTCGCAA-3'，所述核苷酸序列为SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列；