[发明专利]一种针对5`-UTR基因检测短喙矮小综合征鹅细小病毒的PCR引物

说明书

本发明公开了一对针对5’‑UTR基因检测短喙矮小综合征鹅细小病毒的PCR引物，其引物由上游和下游引物组成，上游引物及其寡核苷酸序列为SBDS‑GPV‑F1：5’‑GCACGTGACAGGATGTGCGTCA‑3’；下游引物及其寡核苷酸序列为SBDS‑GPV‑R1：5’‑GCGCGCAAAATATTTTCT‑3’。本发明的引物特异性高、且片段小，敏感性高，整个PCR过程可以在2 h内完成，能够特异性检测出短喙矮小综合征鹅细小病毒的存在，可以有效避免短喙矮小综合征鹅细小病毒PCR检测假阳性结果的出现。

技术领域

本发明涉及一种用于检测短喙矮小综合征鹅细小病毒的引物，属于畜牧兽医检测领域。

背景技术

短喙与矮小综合征鹅细小病毒（short beak and dwarfism syndrome-gooseparvovirus，SBDS-GPV）是细小病毒科依赖病毒属成员，为泛组织嗜性单链DNA病毒，临床上主要引起半番鸭和樱桃谷鸭以生长障碍、短喙、舌头外露、易骨析为特征的高度接触性传染病，在人工感染条件下，其对不同品种水禽均有感染性。本病最早由Villatte D.报道在法国半番鸭群中流行，2009年匈牙利Palya V.分离鉴定了病原，并命名为SBDS-GPV，2015年陈少莺等在中国大陆南方半番鸭与樱桃谷鸭群中检测到SBDS-GPV感染，从发病半番鸭组织中分离到SBDS-GPV并进行了系统鉴定。随着水禽养殖业的发展，短喙矮小综合征已经成为目前危害养鸭业的重要传染病之一，给养鸭业造成严重的经济损失。

鹅细小病毒（goose parvovirus，GPV）基因组中间为编码区存在两个开放阅读框，从左往右依次为Rep基因和VP基因，编码区两侧是包含有倒置末端重复序列的非编码区（untranslated region，UTR）。VP基因编码三种结构蛋白VP1、VP2、VP3。VP3是GPV主要的免疫原性蛋白，能够在自然感染条件下诱导机体产生中和抗体，因此VP3常做为GPV分子生物学诊断的首选目标基因。GPV只有一种血清型，SBDS-GPV与经典小鹅瘟病毒（classicalGPV，C-GPV）、基因重组型番鸭小鹅瘟病毒（Muscovy duck-origin GPV，MDGPV）分离株密切相关，VP3基因核苷酸序列同源性达91%～96%，与番鸭细小病毒（Muscovy duckparvovirus，MDPV）分离株VP3基因序列同源性为84%～85%。目前，针对SBDS-GPV建立的聚合酶链式反应（PCR）检测方法（常规PCR、荧光定量PCR、PCR-LAMP）均以SBDS-GPV VP3基因核苷酸序列为基础而设计引物，因此PCR引物特异性不高，容易产生假阳性结果，常将C-GPV、MDGPV和MDPV误判为SBDS-GPV；实验室鉴别SBDS-GPV基因特征的方法还是主要依据病毒基因组的核苷酸序列测定分析，然而在基层实验室日常检测工作中，针对大量临床感染样本的测序存在成本高、操作繁琐、耗时长等缺点，不适用于疫病的快速鉴别诊断和分析工作。因此，建立快速、特异、灵敏的SBDS-GPV分子生物学检测方法十分重要。

不同疾病型GPV各分离株之间基因组核苷酸序列存在广泛的变异，尤其以5’末端非编码区（5’-untranslated region，5’-UTR）序列变异最大，并且具有耐受碱基突变、插入或缺失的能力。与GenBank中C-GPV、MDGPV和MDPV标准株全长基因多序列比对发现，SBDS-GPV代表株的5’-UTR基因在第250～400位核苷酸序列内存在连续15个碱基的独特缺失以及多处连续碱基突变，因此可以根据此段序列设计特异性PCR引物对SBDS-GPV DNA进行检测。目前国内外还未见到针对5’-UTR设计特异性引物检测SBDS-GPV的研究报道。我们在大量分析GPV和MDPV不同分离株基因组序列基础上，在国内外首次针对5’-UTR序列设计用于检测SBDS-GPV的特异性PCR引物，能够有效避免SBDS-GPV核酸检测过程中假阳性结果的出现。本发明的建立可填补国内外相关领域的空白。

发明内容