[发明专利]一种影响杜洛克种猪肌内脂肪含量的分子标记及应用

说明书

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，涉及一种与杜洛克猪肌内脂肪含量相关的SNP分子标记，该SNP标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本7号染色体上第117427086个核苷酸位点，该位点的碱基是G或A。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高猪肌内脂肪含量，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，涉及一种与杜洛克种猪肌内脂肪含量相关的SNP分子标记及其用途。

背景技术

随着人们生活水平的提高，猪肉的品质受到越来越多的关注。在影响猪肉品质的众多因素中，肌内脂肪(Intramuscular Fat,IMF)作为一个重要的指标，影响着肉的嫩度、系水力、剪切力值、风味和多汁性。适量的肌内脂肪含量能使肉质嫩滑可口、味美多汁，因此，对影响猪肌内脂肪含量的因素的研究一直是育种工作者的重点。

近百年来，以杜洛克为代表的瘦肉型种猪大多以提高瘦肉率和降低背膘厚为重要的育种目标。然而，背膘厚度与肌内脂肪含量呈遗传正相关，而瘦肉量与肌内脂肪含量呈遗传负相关，因此采用常规育种方法难以获得瘦肉率高、背膘厚低而肌内脂肪高的种猪新品系。而利用分子生物学的方法，通过先找到影响肌内脂肪含量的DNA分子标记，进而筛选优势等位基因用于育种，则有望改善瘦肉型种猪的肌内脂肪含量，从而提高猪肉品质。

肌内脂肪含量是复杂的数量性状，由多基因控制。过去，人们通过候选基因法(Candidate gene approach)和QTL定位(QTL Mapping)进行QTL检测。候选基因法已鉴别到部分影响肉质性状的候选基因，如氟烷基因、酸肉基因以及PRKAG3基因等，但它们并不能直接影响猪肉的肌内脂肪含量。候选基因法虽然具有方法简单、操作方便等优点，但只能针对生物学功能已知的基因；而QTL定位方法所鉴定的候选位置基因的置信区域同样较大，这极大地限制了复杂性状分子标记在家畜遗传育种中的应用。随着高通量测序技术的发展及全基因组芯片的出现，使得全基因组关联分析(Genome-wide Association Study，GWAS)在复杂性状遗传解析中大放异彩，也打破了猪肉肌内脂肪分子标记鉴别的瓶颈。

发明内容

为克服上述现有技术中存在的缺点与不足，本发明的首要目的在于提供一种影响猪肌内脂肪含量性状的分子标记及其在猪肌内脂肪含量研究和猪遗传育种中的应用。

本发明的另一目的在于提供上述的分子标记在筛选高肌内脂肪含量性状的猪品种的方法。

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响猪肌内脂肪含量性状的分子标记的引物对。

本发明的目的在于提供一种猪的遗传改良的方法。

本发明的上述目的通过以下技术手段实现：

一方面，本发明提供了一种与猪肌内脂肪含量相关的SNP分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是A或G，导致猪肌内脂肪含量的不同。

所述分子标记位于猪的7号染色体上的核苷酸序列上，所述分子标记的SNP位点为SEQ IDNO:1序列标注位置为381位的G381-A381的核苷酸突变；所述的分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列7号染色体上第117427086位A>G突变。

另一方面，本发明还提供了一种用于鉴定上述影响猪肌内脂肪含量性状的分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如下所示：

正向引物序列如SEQ ID NO：2所示；

反向引物序列如SEQ ID NO：3所示。

另一方面，本发明还提供了上述引物对在研究/检测/鉴定/调节/提高猪肌内脂肪含量或者是猪遗传育种中的应用。进一步地，所述的遗传育种优选为分子标记辅助育种。