[发明专利]一种与杜洛克种猪背膘厚相关的SNP标记及其用途

说明书

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，涉及一种影响杜洛克猪背膘厚的SNP分子标记，所述SNP标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第81306158个核苷酸位点，该点的碱基是A或C。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够加速杜洛克背膘厚的遗传进展，从而有效提高种猪育种的经济效益。

技术领域

本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，本发明涉及一种影响杜洛克种猪背膘厚的分子标记及其用途。

背景技术

猪的背膘厚指的是猪的皮下脂肪厚度，皮下脂肪是位于真皮层以下、筋膜层以上的皮下脂肪组织。养殖企业通常在种猪达100kg体重时进行背膘厚测定，测定位置位于倒数第3-4肋间、左侧距背中线5cm处，通过B型超声仪形成声像图，再通过计算机测算背膘厚度。

背膘厚是衡量猪生长性能的一个重要指标，背膘厚度过高或过低，对种猪生长性能和繁殖性能都产生较大影响；另外，背膘厚往往作为反映瘦肉率的间接指标，背膘越厚瘦肉率越低，反之越高。近年来由于消费水平的提高，消费者对高瘦肉率的不断追求，对猪薄背膘的选择被广泛应用于遗传改良。

然而，背膘厚属于中等遗传力的性状，传统的选育方法仅仅单纯的对表型进行选择如人为将背膘过厚的个体本身进行淘汰或者尽量不选择将其同胞和半同胞留种，实际效果不佳。分子标记辅助育种成为改良这一性状的不错选择。

目前，利用候选基因法和QTL定位两种方法已经确定了不少与背膘厚度相关的候选基因和QTL。候选基因有二酰基甘油转酰基酶(Diacyl Glycerol Acyl Transferase-1,DGAT1),脂肪肥胖相关基因(Fat-mass and Obesity-associated Gene,FTO),脂肪细胞分化和决定因子1(Adipocyte Determination and Differentiation factor-1,ADD1)等，QTL数量更是超过200个。但是，候选基因法的由于候选基因的选择具有一定的随机性，可能是主效基因，也可能是与实际QTL处于紧密连锁不平衡状态中间接对性状起作用的基因，这给家畜育种带来了部分风险，此外候选基因法的选择还具有群体异质性；而QTL定位获得的QTL遗传距离跨度很大，往往包含上百个基因，这极大地限制了QTL定位方法在家畜重要经济性状的遗传改良中的应用。如今，全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)已经逐步在复杂性状的遗传改良方面显示出独特的优势。如提高奶牛产奶量等。相对候选基因法和QTL定位，GWAS可以更准确的定位和识别新基因，且能直接运用到家畜动物的遗传改良中。

此外，不少研究均表明，背膘厚度与生长速度存在着负相关,因此背膘厚度的遗传规律改良对改善猪肉质性状和提高生产效率同样具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与猪背膘厚相关的SNP标记及其用途。

为实现上述目的，本发明所采取的技术方案：

一方面，本发明提供了一种与种猪背膘厚相关的SNP标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪背膘厚的不同。

进一步地，所述SNP标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本2号染色体上第81306158个核苷酸位点A>C突变。。

所述分子标记的SNP位点为SEQ IDNO:1序列标注位置为217的A217-C217的核苷酸突变；进一步地，所述的分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列2号染色体上第81306158个核苷酸位点A>C突变。

另一方面，本发明还提供了一种用于鉴定上述影响猪背膘厚性状的分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如下所示：

正向引物序列如SEQ ID NO：2所示；