[发明专利]一种利用碳基纳米材料提升真菌群落检测准确性的方法有效
申请号: | 201810242172.8 | 申请日: | 2018-03-22 |
公开(公告)号: | CN108517369B | 公开(公告)日: | 2022-10-14 |
发明(设计)人: | 邓晔;刘洋荧;厉舒祯 | 申请(专利权)人: | 中国科学院生态环境研究中心;中国科学院大学 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12Q1/04 |
代理公司: | 北京风雅颂专利代理有限公司 11403 | 代理人: | 张拥 |
地址: | 100085*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 利用 纳米 材料 提升 真菌 群落 检测 准确性 方法 | ||
1.一种利用碳基纳米材料提升真菌群落检测准确性的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)采集真菌群落样本,提取真菌群落样本的ITS rRNA基因,并根据真菌群落样本的ITS rRNA基因设计并合成上下游引物;
(2)将碳基纳米材料与PCR扩增反应体系混合均匀,并利用上下游引物扩增真菌群落样本的ITS rRNA基因,所述碳基纳米材料为氧化石墨烯,其在PCR扩增反应体系中的用量为0.5~1.5ng/μL;
(3)PCR产物分离纯化后,构建文库后进行高通量测序,对测序数据进行处理后,分析嵌合体所占的比例并去除嵌合体序列,然后对非嵌合体序列进行比对,确定错配序列所占的比例。
2.根据权利要求1所述的利用碳基纳米材料提升真菌群落检测准确性的方法,其特征在于,在步骤(1)中,上游引物ITS1F的序列为:5’-CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’,其为SEQID NO:1所示;
下游引物ITS2的序列为:5’-GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3’,其为SEQ ID NO:2所示;
上游引物ITS1F和下游引物ITS2用于扩增真菌群落样本的ITS rRNA的ITS1区域。
3.根据权利要求1所述的利用碳基纳米材料提升真菌群落检测准确性的方法,其特征在于,所述真菌群落样本为土壤、水体或大气中的真菌群落样本。
4.权利要求1-3任一项所述的方法中的碳基纳米材料在提升真菌群落检测准确性中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述碳基纳米材料能够减少真菌群落检测过程嵌合体及错配碱基的产生,同时减少重复样本内部的差异性,从而提升真菌群落检测的准确性。
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