[发明专利]一种用于鉴定翡翠贻贝的SNP分子标记

说明书

本发明提供一种用于鉴定翡翠贻贝的snp分子标记，位于核苷酸序列为SEQ ID NO:1的基因片段的第76位和第89位，其中第76位核苷酸为A/C，第89位核苷酸为A/G。本发明筛选获得了能够鉴别翡翠贻贝的SNP位点，通过检测该SNP位点，利用高分辨率熔解曲线方法可以对翡翠贻贝进行基因分型。本发明从分子水平对翡翠贻贝品种进行鉴定，摆脱了靠表型进行鉴别的局限性。

技术领域

本发明属于种群鉴定技术领域，具体涉及一种用于鉴定翡翠贻贝的SNP分子标记。

背景技术

贻贝属于软体动物门(Mollusca)，双壳纲(Bivalvia)，异柱目(Anisomyaria)，贻贝科(Mytilidae)，广泛分布于温带和亚北极地区的潮间带。贻贝的世界年产量1985年为40多万吨，近10年来，中国人工培育贻贝苗成功，华北华东沿海地区已进行大规模人工养殖，2015年总产量达到84.5万余吨，位居贝类养殖产量的前列，其中主要以养殖和出口的紫贻贝(Mytilus edulis)、厚壳贻贝(Mytilus coruscus)和翡翠贻贝(Perna viridis)这三种经济贝类为主。

该科生物在我国已发现的有近50个种，分为18个属。而浙江沿海地带有代表性的主要种属有贻贝属(Genus Mytilus Linnaeus)、隔贻贝属(Genus Septifer Recluz)、肌蛤属(Genus Musclus Roding)、股贻贝属(Genus perna Retzius)、毛贻贝属(GenusTrichomya Ihering)、偏顶蛤属(Genus Modiolus Lamarck)、黑荞麦蛤属(GenusVignadula KurodaHabe)、石蛏属(Genus Lithophaga Roding)等。

目前对贻贝属分类常采用贝壳形状、铰合齿等外部形态特征，但是贻贝品种间在浮游期、稚贝期外形相似，且自然杂交个体、脱壳贩卖个体、表型受环境塑造后的个体，单凭外形较难区分。而且，随着分子标记辅助遗传育种在水产领域中的广泛应用，也需要开发一套高效实用的贻贝品种鉴定方法，为贻贝的生产育苗、科学研究和市场整顿提供有力的依据。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于鉴定翡翠贻贝的snp分子标记，通过检测该分子标记，可以有效的将翡翠贻贝(Perna viridis)与目前主要养殖的紫贻贝(Mytilus edulis)和厚壳贻贝(Mytilus coruscus)区分开，从而有效的进行翡翠贻贝的杂交和品系提纯的研究。

本发明所提供的SNP标记，位于核苷酸序列为SEQ ID NO:1的基因片段的第76位和第89位，其中第76位核苷酸为A/C，第89位核苷酸为A/G；

其中SEQ ID NO:1的基因片段的序列如下：

GCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGT；

本发明再一个方面提供一种鉴定翡翠贻贝的方法，是通过检测上述的SNP位点来实现；

其中一种实施例的具体记载，是采用高分辨率溶解曲线法进行，通过PCR引物对待检测个体的核酸样品进行扩增后，再进行基因分析确定的；

所述的PCR引物是用于扩增包含上述SNP位点的核苷酸片段；

其中一种具体的引物，其上游引物的序列如下：

5′-GCATTCGTATTACGGTGTT-3′(SEQ ID NO:2)、

下游引物的序列如下：

5′-ACGGTATCTGATCGTCTTCG-3′(SEQ ID NO:3)。