[发明专利]粪便宿主DNA甲基化检测方法在审
申请号: | 201810266872.0 | 申请日: | 2018-03-28 |
公开(公告)号: | CN108220286A | 公开(公告)日: | 2018-06-29 |
发明(设计)人: | 罗海贝;王臣;赵然;冯俊;陈小凤 | 申请(专利权)人: | 上海锐翌生物科技有限公司 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/6858 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 赵天月 |
地址: | 200050 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 宿主DNA 粪便 试剂组合物 甲基化特异性PCR 甲基化检测 硫酸根离子 提取效率 钙离子 规模化 甲基化 裂解液 试剂盒 絮凝剂 检测 应用 | ||
1.一种提取粪便中宿主DNA的试剂组合物,其特征在于,包括:
提供硫酸根离子的裂解液A;以及
提供钙离子的絮凝剂。
2.根据权利要求1所述的试剂组合物,其特征在于,所述裂解液A中含有硫酸铵,所述絮凝剂为氯化钙溶液;
任选地,所述裂解液A包括:硫酸铵、硫氰酸胍、Tris-HCl、EDTA、CTAB和PVP-10,所述絮凝剂为0.5~2M的氯化钙溶液;
优选地,所述裂解液A包括:
25~500mM的硫酸铵;
25~500mM的硫氰酸胍;
10~100mM的Tris-HCl,pH为5-8;
20~200mM的EDTA,pH为8.0;
0.5~2.5质量%的CTAB;以及
0.5~2.5质量%的PVP-10;
所述絮凝剂为0.5~1M的氯化钙溶液;
更优选地,所述裂解液A包括:
50~100mM的硫酸铵;
50~100mM的硫氰酸胍;
20~50mM的Tris-HCl,pH为6.5-7.5;
40~50mM的EDTA,pH为8.0;
1.5~2.0质量%的CTAB;以及
1.5~2.0质量%的PVP-10。
3.根据权利要求1所述的试剂组合物,其特征在于,进一步包括:
裂解液B、蛋白消化液、结合液、DNA吸附载体、去杂质液A、去杂质液B和DNA溶解液;
任选地,所述裂解液B包括:硫氰酸胍、Tris-HCl和Triton X-100;
所述蛋白消化液为蛋白酶K溶液;
所述结合液为无水乙醇;
所述DNA吸附载体为硅羟基磁珠;
所述去杂质液A包括:硫氰酸胍、乙酸铵、Triton X-100、Tris-HCl和乙醇;
所述去杂质液B包括:乙酸铵、Tris-HCl和乙醇;
所述DNA溶解液为Tris-HCl;
优选地,
所述裂解液B包括:2~6M的硫氰酸胍;10~100mM的Tris-HCl,pH为5~8以及0.1~5质量%的Triton X-100;
所述蛋白消化液为10~50mg/ml的蛋白酶K溶液;
所述去杂质液A包括:1~2M的硫氰酸胍;20~200mM的乙酸铵;0.1~0.5质量%的Triton X-100;10~100mM的Tris-HCl,pH6~8以及40~70质量%的乙醇;
所述去杂质液B包括:5~50mM的乙酸铵溶液;5~50mM的Tris-HCl,pH6~8以及60~90质量%的乙醇;
所述DNA溶解液为5~25mM的Tris-HCl,pH8~9;
更优选地,
所述裂解液B包括:3.5~4.5M的硫氰酸胍;20~50mM的Tris-HCl,pH为5.5~6.5以及0.5~1质量%的Triton X-100;
所述蛋白消化液为15~25mg/ml的蛋白酶K溶液;
所述去杂质液A包括:2M的硫氰酸胍;25~50mM的乙酸铵;0.2~0.25质量%的TritonX-100;15~25mM的Tris-HCl,pH为6.8以及45~60质量%乙醇;
所述去杂质液B包括:10mM的乙酸铵、10mM的Tris-HCl,pH为6.8以及70~80质量%乙醇;
所述DNA溶解液为10mM的Tris-HCl,pH为8.5。
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