[发明专利]基于KRAS和NDRG4基因确定结直肠肿瘤细胞的方法和系统

权利要求书

1.一种确定结直肠肿瘤细胞的方法，其特征在于，包括：

分别获得待测样本的KRAS基因和NDRG4基因，并将所述NDRG4基因进行甲基化处理；

分别对所述KRAS基因和经甲基化处理的NDRG4基因进行测序，获得KRAS基因测序结果和NDRG4基因测序结果；

将所述KRAS基因测序结果中第一目标靶点位置的基因序列与第一参考序列进行第一比对，计算出KRAS基因突变率；其中，所述第一目标靶点选自2号外显子的第12密码子和第13密码子，所述第一参考序列如SEQ ID NO:1所示；

将所述NDRG4基因测序结果中第二目标靶点位置的基因序列与第二参考序列进行第二比对，计算出NDRG4基因甲基化连锁比率；其中，所述第二目标靶点选自启动子区沿基因转录方向上游引物开始计算的第6和第14个CpG位置NC_000016.9:58497140,58497161，所述第二参考序列如SEQ ID NO:2所示；

基于所述KRAS基因突变率和NDRG4基因甲基化连锁比率，确定所述待测样本是否存在结直肠肿瘤细胞。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于下列标准，确定所述待测样本是否存在结直肠肿瘤细胞：

依据公式P＝e^K/(1+e^K)计算P值，其中K＝23.26508X1+2.18682X2-1.16855，e为自然常数，X1为KRAS基因突变率，X2为NDRG4基因甲基化连锁比率，

P值不小于0.25035，是所述待测样本存在结直肠肿瘤细胞的指示；

P值小于0.25035，是所述待测样本不存在结直肠肿瘤细胞的指示。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测样本来源于粪便。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述结直肠肿瘤细胞为肠道上皮肿瘤细胞。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述结直肠肿瘤细胞为人源肠道上皮肿瘤细胞。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述甲基化处理是采用亚硫酸氢盐进行的。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，分别独立地将所述KRAS基因和经甲基化处理的NDRG4基因进行测序所得到的原始数据进行质量控制、过滤、比对、拼接以及质量值校正，以便获得所述KRAS基因测序结果和NDRG4基因测序结果。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序的测序深度不少于20000×。

9.一种实施权利要求1～8任一项所述确定结直肠肿瘤细胞的方法的系统，其特征在于，包括：

获取基因装置，适于分别获得待测样本的KRAS基因和NDRG4基因，并将所述NDRG4基因进行甲基化处理；

测序装置，所述测序装置与所述获取基因装置相连，适于分别对所述KRAS基因和经甲基化处理的NDRG4基因进行测序，获得KRAS基因测序结果和NDRG4基因测序结果；

比对装置，所述比对装置与所述测序装置相连，适于将所述KRAS基因测序结果中第一目标靶点位置的基因序列与第一参考序列进行第一比对，计算出KRAS基因突变率；

将所述NDRG4基因测序结果中第二目标靶点位置的基因序列与第二参考序列进行第二比对，计算出NDRG4基因甲基化连锁比率；

判定装置，所述判定装置与所述比对装置相连，适于基于所述KRAS基因突变率和NDRG4基因甲基化连锁比率，确定所述待测样本是否存在结直肠肿瘤细胞。