[发明专利]转录因子芯片试剂盒及高通量筛选靶基因转录因子的方法

说明书

本发明涉及医学生物检测技术领域，本发明提供了一种转录因子芯片试剂盒以及采用上述转录因子芯片试剂盒进行高通量筛选靶基因转录因子的方法，在该筛选方法中，使用靶基因启动子区DNA片段作为探针，应用于转录因子活性芯片，有效地弥补了转录因子活性芯片特异性不足的缺点，使快速、高效地筛选出靶基因转录因子成为可能，同时避免了主观选择性和遗漏潜在转录因子的问题。

技术领域

本发明涉及医学生物检测技术领域，涉及一种转录因子芯片试剂盒以及采用该转录因子芯片试剂盒进行高通量筛选靶基因转录因子的方法。

背景技术

转录因子是一类能与靶基因DNA序列结合并启动靶基因转录的蛋白。转录因子与靶基因DNA的结合依赖于靶基因启动子区内的转录因子结合位点(transcriptionfactorbinding site,TFBS)，启动子区一般位于该基因的转录起始位点上游1000bp范围内。转录因子通过与基因DNA序列中TFBS结合进而调控基因表达。

研究发现，在多种疾病，特别是癌症中，病变组织的基因表达谱显著不同于正常组织，提示基因表达调控发生变化。基因表达变化在多种疾病的进展中发挥关键作用，目前已有针对特定基因进行干预的疾病治疗手段。由于转录调控是基因表达调控的关键环节，因此了解基因表达变化的机制，即定位调控基因表达变化的转录因子，对理解疾病过程中基因表达变化的原因具有重要意义，同时可为寻找基因治疗干预靶点提供线索。

目前，寻找靶基因转录因子的方法主要是通过转录因子结合序列数据库分析可能与靶基因启动子区结合的转录因子，如JASPAR数据库(Khan A,Fornes O,Stigliani A,Gheorghe M,Castro-Mondragon JA,van der Lee R,Bessy A,Cheneby J,Kulkarni SR,Tan G et al: JASPAR 2018:update ofthe open-access database oftranscriptionfactor binding profiles and its web framework.Nucleic acids research 2018,46(D1):D1284.)或者是UniPROBE数据库 (Hume MA,Barrera LA,Gisselbrecht SS,BulykML:UniPROBE,update 2015:new tools and content for the online databaseofprotein-binding microarray data on protein-DNA interactions. Nucleic acidsresearch 2015,43(Database issue):D117-122.)，然后通过凝胶迁移实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)、染色质免疫共沉淀实验(chromatinimmunoprecipitation assay,ChIP)验证数据库分析预测的转录因子是否与靶基因启动子区有结合活性。

显而易见，传统鉴定靶基因转录因子的方法耗时耗力，只能根据数据库分析预测的转录因子列表逐一尝试或有主观选择性地尝试，且在尝试出阳性结果的情况下极有可能错失其他同样能结合的转录因子。

近来出现一种筛选活性变化转录因子的高通量芯片技术，用来观察实验条件下活性发生变化的转录因子。该方法尽管在一定程度上缩减了靶基因转录因子筛选范围，但在筛选出活性变化的转录因子后，仍无法聚焦到调控靶基因的转录因子，只能根据数据库分析其中能与靶基因结合的转录因子，随后再通过EMSA、ChIP实验进行验证，仍然耗时费力。

发明内容

本发明的目的在于提供一种转录因子芯片试剂盒，本发明的目的也在于提供一种高通量筛选靶基因转录因子的方法。