[发明专利]一种细胞cDNA芯片及其制备方法和应用

说明书

本发明公开一种细胞cDNA芯片，包括基片和固定于基片上的cDNA模板；该cDNA模板是由细胞株或原代细胞抽提的总RNA经过反转录得到的cDNA；该cDNA芯片还具有管家基因引物，所述管家基因引物是管家基因的一对正向及反向引物。本发明的细胞cDNA芯片可直接应用于细胞株筛选，实验准备时间短，只需一次使用一张芯片，节省了实验试剂用量，有效解决了研究人员大量细胞培养和样本提取的困难，各样本的实验条件保持一致，实验误差小，提高了胞株筛选的准确性和筛选效率，可用于细胞株的高通量筛选。本发明还提供所述细胞cDNA芯片的制备方法及其应用。

技术领域

本发明涉及基因芯片领域，尤其是涉及一种细胞cDNA芯片及其制备方法和应用。

背景技术

细胞生物学水平的生命科学及医学研究主要是从细胞结构、细胞功能、蛋白及各种核酸在细胞中的表达三个方面展开。为全面解决科研问题，解释各种假说和推测，以上三个方面相辅相成，缺一不可。从实验角度来看，检测细胞中各种核酸的表达是细胞生物学研究最基础的一环。因此，选择合适的细胞株或原代细胞的首要依据就是：目的基因或蛋白的表达水平应符合实验需要。

为选择合适的细胞株或原代细胞，目前研究人员进行细胞株筛选时通常采用的方法是，购买或复苏待选细胞株2-5株，先进行长达一周到两周以上的培养、扩增，然后对每株不同的细胞进行RNA抽提、反转录及目的基因扩增。上述方法存在以下缺点：1)步骤多，耗时长；2)筛选效率极低，无法现实高通量筛选；3)每种待选细胞株或原代细胞需单独按上述方法进行操作，实验条件难以保持一致，组间的均一性较差，影响筛选结果的准确性；4)受不同细胞株尤其是原代细胞来源渠道的限制以及实验经费的限制，研究人员通常不能同时获得目标种类的所有细胞株，只能在有限的选择范围内进行筛选，检测的细胞种类不全，从而影响后续实验结果。

现有的基因芯片技术多是将大量的已知序列的DNA片段(基因探针)固定于基片上，构成一个二维DNA探针阵列，根据杂交测序方法可以一次性对样品中的大量序列进行检测和分析，可用于基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等，但是该方法不适合直接应用于多种细胞株的筛选。

因此，针对本领域科研活动中细胞株筛选的现状，亟需提供一种用于细胞株筛选的新型的研究工具，可适用于细胞株的多样本分析以及快速的分子水平分析。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于，提供一种用于细胞株筛选的细胞cDNA芯片，能够提高细胞株筛选的效率和准确性，缩短筛选时间，可用于细胞株的高通量筛选。

为解决上述技术问题，本发明提供一种细胞cDNA芯片，包括基片和固定于基片上的cDNA模板；

所述cDNA模板，是由细胞株或原代细胞抽提的总RNA经过反转录得到的cDNA；所述细胞株或原代细胞是来自于人/动物；

所述cDNA芯片还具有管家基因引物，所述管家基因引物是管家基因的一对正向及反向引物，所述管家基因引物作为内参及阳性对照。

具体的，所述基片上具有阵列式分布的点样区间，所述点样区间用于固定cDNA模板；所述cDNA模板为两种或两种以上，是来源于两种或两种以上不同的细胞株或原代细胞；来源不同的cDNA模板固定于不同的点样区间。细胞株或原代细胞的选择，可以根据客户需求进行个性化定制。

具体的，固定于不同点样区间的cDNA模板的上样量保持一致，且控制内参qPCR结果Ct值波动不超过2。

具体的，所述总RNA在用于反转录之前应控制纯度，限定范围为：OD260/OD280的比值为2.0±0.1，OD260/OD230的比值为2.0-2.1。

具体的，所述总RNA在用于反转录之前应测定RNA的完整性，选择RIN值超过7的高质量的RNA进行反转录，得到cDNA。