[发明专利]猪繁殖性状相关CDC42基因分子标记的克隆及其应用

说明书

本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及猪繁殖性状相关CDC42基因分子标记的克隆及其应用。所述的分子标记与猪繁殖性状如猪窝产仔数、初生重性状关联。所述的分子标记是从影响胎盘和胚胎发育的基因CDC42中克隆得到，该分支标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的151bp处存在一个C/T等位基因的突变，该突变导致Hpy188III‑RFLP多态性。本发明还公开了该分子标记在猪繁殖性状关联分析中的应用。

技术领域

本发明属于猪分子标记制备技术领域，具体涉及一种猪繁殖性状相关CDC42基因分子标记的克隆及其应用。所述的分子标记与猪猪繁殖性状如窝产仔数和初生重性状关联。所述的分子标记从猪CDC42基因中克隆得到，它包括猪CDC42基因3′UTR序列突变位点的检测方法与应用。

背景技术

在养猪业中，初生重性状、窝产仔数性状是猪经济价值的重要体现，如何提高母猪窝产活仔数和仔猪初生重在实际生产中显得尤为重要。母猪胎盘功能是影响母猪产仔数和仔猪初生重的重要因素，在妊娠过程中，猪胎盘通过形成胎盘褶皱这种独特的方式来增加母胎之间的交换面积，提高胎盘转运营养物质的能力。因此，猪胎盘褶皱的发育对胎儿的生长和发育具有重要调控作用，进而影响母猪的繁殖性状。

胎盘褶皱发育是一个系统过程，多种基因、通路参与其中，协同完成。滋养层上皮细胞作为胎盘褶皱发育中的关键性细胞，在胎盘褶皱形态变化过程中，滋养层细胞受细胞外基质、细胞增殖、细胞迁移等生物学过程相关基因的调控。现有研究表明，在胎盘褶皱发育的不同时期，miRNA通过对细胞迁移、细胞增殖和细胞外基质等通路相关靶基因的调控，从而影响胎盘褶皱的发育。miRNA通过与靶基因3’UTR中顺式元件结合，发挥对靶基因转录后调控的作用。当SNP位于顺式元件中miRNA所结合位点时，SNP位点的不同基因型会影响miRNA与靶基因的结合效率，从而影响miRNA对靶基因的调控作用。因此，鉴定并验证能够影响胎盘褶皱发育相关miRNA调控功能的SNP对母猪繁殖性状的育种改良具有重要意义。

CDC42是Rho家族中一种鸟嘌呤三核苷酸酸酶(GTPases)，在鸟嘌呤核酸交换因子(GEFs)的刺激下，可以从非活化的GDP结合形态转化为活化的GTP结合形态，发挥着分子开关的功能，调控着多种细胞的功能，如细胞形状、极性、迁移、入侵和增殖等过程(Sinha andYang 2008,Ridley 2015)。活化的CDC42会引起细胞中细胞骨架中的微管和微丝重组，有助于细胞伪足的形成，调控细胞定向迁移。其在胚胎的发育、乳腺的发育、肾管的发育和肿瘤细胞的转移中具有重要的作用(Stengel and Zheng 2011,Bray et al.2013,Elias etal.2015)。在CDC42敲除的小鼠中，胚胎在E5.5天死亡，其胚胎表现为形状更小、外胚层中E-钙粘素、α环联蛋白和β环联蛋白无法在正常部位表达，上皮细胞极性缺失(DuquetteandLamarche-Vane 2014)。在人类胎盘形成时，受前列腺素E2和内皮素刺激的滋养层细胞，在CDC42的参与下进行细胞迁移(Nicola et al.2008,Liu et al.2012)。鉴于以上研究我们认为CDC42基因可能在猪胎盘褶皱发育和形成过程中发挥着关键性的作用，而对基因突变的多态性位点在群体中的进行关联分析是研究基因功能的一个有力的方法，所以申请人对CDC42基因进行了多态性和关联分析，以期为猪的繁殖性状提供新的分子标记。

发明内容

发明的目的在于克服现有技术的缺陷，获得猪繁殖性状相关CDC42基因分子标记的克隆及其应用。猪繁殖性状包括猪窝产仔数性状和仔猪初生重相关性状，本发明的分子标记从猪CDC42基因中克隆得到，它包括猪CDC42基因3′UTR序列突变位点的检测方法与应用。本发明通过建立寻找突变位点以及基因多态性的检测方法，为猪窝总产仔数性状和仔猪初生重性状检测提供关联标记及其筛选方法。

本发明的技术方案如下：

一种分子标记Hpy188III-RFLP在猪繁殖性状关联分析中的应用，所述的应用步骤如下所述：