[发明专利]与谷子茎节数性状相关的SNP标记及其检测引物和应用

说明书

本申请公开了一种与谷子茎节数性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。本申请与谷子茎节数性状相关的SNP标记，该SNP标记位于第二条染色体第2955498bp至第3059198bp的bin标记内，SNP标记与谷子茎节数紧密连锁。本申请与谷子茎节数性状相关的SNP标记，可以用于谷子茎节数性状的分子标记辅助育种，通过该SNP标记检测可以预测谷子茎节数，为实现谷子茎节数性状的早期鉴定或筛选育种提供了科学依据，对加快谷子品种的遗传选育或改良进程具有重要的理论和实践指导意义。本申请检测SNP标记的引物对，可以对谷子茎节数进行分型，检测SNP表达的差异。

技术领域

本申请涉及谷子育种技术领域，特别是涉及一种与谷子茎节数性状相关的 SNP标记及其检测引物和应用。

背景技术

我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家，产量约占全世界总量的80％。同时，我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。

谷子的茎，指谷子植株地上部分的骨干，茎下接根，通过木质部将根部吸收到的水分和矿物质往上运输到各营养器官，通过韧皮部将光合作用的产物往下运输，具有输导营养物质、光合作用、贮藏营养物质和繁殖的功能。茎节短，茎秆粗壮，有利于有机物的贮存和养分运转，对提高穗粒重和抗倒伏性具有重要的作用。因此茎节数等指标是影响谷子品质和产量的重要因子，研究与控制谷子茎节数等品质和产量性状相关的基因及其位置功能等，对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。

单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性，其在基因组中数量多，分布广泛，遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低，对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较，就能够确定碱基是否存在变异。因此，SNP检测有利于基因分型，适用于快速和规模化地筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。

目前关于谷子数量性状相关的QTL定位和SNP标记研究主要集中于SSR 标记的开发利用等途经，而利用群体自交系简并基因组测序检测多态性的SNP 分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此，开展谷子数量性状SNP分子标记的开发，并建立辅助选育体系，对于提高谷子产量，节约育种成本具有重要意义。

发明内容

本申请的目的是提供一种新的与谷子茎节数性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。

为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：

本申请的一方面公开了一种与谷子茎节数性状相关的SNP标记，该SNP标记位于第二条染色体第2955498bp至第3059198bp的bin标记内，并且，SNP 标记与谷子茎节数紧密连锁。

需要说明的是，本申请经过研究发现了一段与谷子茎节数紧密连锁的序列，这段序列内的SNP标记直接影响谷子茎节数性状，这段序列即第二条染色体第 2955498bp至第3059198bp的bin标记。

进一步的研究发现，第二条染色体第2955498bp至第3059198bp的bin标记中，尤其是SNP标记的碱基为A或G，与谷子茎节数紧密连锁。

本申请的一种实现方式中，具体披露了其中一个SNP标记，即SNN-02-104 位点，SNN-02-104位点位于第二条染色体的序列第2956104bp位置，SNN-02-104 位点所在的序列如Seq ID No.1所示，SNN-02-104位点是Seq ID No.1所示序列中自5’端起第130位碱基。

需要说明的是，第二条染色体第2955498bp至第3059198bp的bin标记与谷子茎节数紧密连锁，其中可能包含众多SNP标记，SNN-02-104位点只是本申请的一种实现方式中证实的与谷子茎节数性状相关的SNP标记，在本申请的指导下，不排除在该bin标记内还有其它的SNP标记。